Tổng đội xây lắp điện 3 được thành lập năm 1995 theo Quyết định số 111 8 ĐVN/XLĐ3-TCCB-LĐ ngày 25/10/1995 của Giám đốc Công ty xây lắp điện 3 về việc hợp nhất Đội xây lắp điện 11, Đội xây lắp điện 5 v à Đội xây lắp trạm 2 tổ chức lại thành Tổng đội xây lắp điện 3. Trụ sở đóng tại số 06 Hùng Vương - Nha Trang - Khánh Hòa.
Qua hơn 3 năm hoạt động và phát triển, Tổng Đội xây lắp điện 3 đ ược chuyển thành Xí nghiệp xây lắp điện Nha Trang theo Quyết định số 15/QĐ -HĐQT ngày 18/05/1999 của Tổng Công ty xây dựng Công nghiệp Việt Nam về việc th ành lập Xí nghiệp xây lắp điện Nha Trang trự c thuộc Công ty xây lắp điện 3.
Ngành nghề kinh doanh là xây dựng các công trình đường dây và trạm điện; xây dựng, lắp đặt, sửa chữa các công tr ình công nghiệp và dân dụng; nhận thầu san đắp nền công trình và nền đường; kinh doanh dịch vụ du lịch; vận tải phục vụ cho sản xuất.
Ngày 10/05/2003 Tổng Giám đốc Công ty xây lắp điện 3 ra Quyết định số 241866 QĐ/XLĐ3- TH về việc thành lập Công ty xây lắp điện 3.9 trên cơ sở tổ chức lại Xí nghiệp xây lắp điện Nha Trang.
Tên giao dịch Quốc tế: Power Construction Co mpany 3.9. Tên viết tắt: PCC3.9
Công ty Cổ phần Xây Dựng Điện VNECO 9 (trước đây là công ty xây lắp điện 3.9) được thành lập theo Quyết định số 160/2004/QĐ –BCN của Bộ trưởng Bộ Công nghiệp ngày 06/12/2004 về việc chuyển Công ty Xây Lắp Điện 3.9 th ành Công ty Cổ phần Xây Lắp Điện 3.9.
Tại Đại hội đồng cổ đông họp th ường niên năm 2006 quyết định đổi tên Công ty Cổ phần Xây Lắp Điện 3.9 thành Công ty Cổ phần Xây Dựng Điện VNECO 9. Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số: 3703000127 ng ày 31/12/2004 do Sở Kế hoạch và đầu tư tỉnh Khánh Hòa cấp.