Khi nói văn hoá tổ chức tức văn hoá đại diện cho nhận thức chung của các thành viên trong tổ chức, ta muốn ám chỉ văn hoá chính thống. Tuy nhiên việc thừa nhận rằng
văn hoá tổ chức có những đặc tính chung không có nghĩa là không thể có những cụm văn hoá bộ phận trong tổ chức. Hầu hết những tổ chức lớn đều có văn hoá tiêu biểu và nhiều cụm văn hoá bộ phận khác nhau. Văn hoá bộ phận là những giá trị và hệ thống ý nghĩa chung được chia sẻ bởi một nhóm người lao động trong tổ chức. Các cụm văn hoá bộ phận có thể được xác định dựa trên sự bố trí các phòng ban hay dựa theo tính chất công việc của người lao động. Ví dụ: văn hoá bộ phận của phòng Marketing và bán hàng sẽ bao gồm các giá trị cơ bản của văn hoá tiêu biểu của công ty cộng với các giá trị riêng có của các nhân viên phòng Marketing và bán hàng tạo nên. Những giá trị chủ yếu của văn hoá bộ phận này là những giá trị gắn với sự cạnh tranh, sự tăng trưởng và thành đạt cá nhân. Họ có thể thích địa vị, tiền bạc và ít quan tâm đến những thủ tục và kiểm soát tài chính. Họ có thể có phong cách ăn mặc, giao tiếp rất thoải mái. Họ coi trọng kỹ năng quan hệ, giao tiếp và đàm phán. Văn hoá bộ phận của những kỹ thuật viên và chuyên gia trong phòng sản xuất khác so với văn hoá bộ phận của phòng Marketing. Những giá trị chủ yếu của bộ phận này được xác định bởi nghề nghiệp của họ chứ không phải bởi công ty.
Văn hoá bộ phận có thể góp phần nâng cao giá trị của văn hoá chính thống nếu nó cũng tán thành những giả định, giá trị và niềm tin của văn hoá chính thống. Nhưng nó cũng
có thể chống lại văn hoá chính thống nếu giá trị của nó đi ngược lại giá trị của văn hoá tổ chức. Nếu trường hợp này xảy ra, tổ chức sẽ có xung đột và bất đồng.