Kiểm tra, đối chiếu là việc nghiên cứu, xem xét sổ sách, ghi chép và các hồ sơ tài liệu khác trên cơ sở đó để đánh giá việc tuân thủ của nội dung kiểm toán so với tiêu chuẩn đánh giá đã xác định. Viê ̣c kiểm tra, đối chiếu tài liê ̣u, sổ kế toán và chứng từ cung cấp các bằng chứng kiểm toán có đô ̣ tin câ ̣y khác nhau, tùy thuô ̣c vào nô ̣i dung, nguồn gốc của bằng chứng kiểm toán và tùy thuô ̣c vào tính hữu hiê ̣u của các kiểm soát của đơn vị đối với quá trình tạo lâ ̣p tài liê ̣u, sổ kế toán, chứng từ thuô ̣c nô ̣i bô ̣ đơn vị. Chẳng hạn, về thủ tục kiểm tra trong thử nghiệm kiểm soát là kiểm tra tài liê ̣u, sổ kế toán và chứng từ để thu thâ ̣p bằng chứng về sự phê chuẩn.
Khi áp dụng kỹ thuật này, KTV không chỉ thực hiện kiểm tra trực tiếp các tài liệu, sổ sách và ghi chép của đơn vị như các tài liệu kế toán, thống kê kinh tế, và hạch toán chuyên môn, các biên bản… Mà còn cần thực hiện kiểm tra cả tài liệu lưu trữ như: các quy định về hệ thống kiểm soát, quản lý của đơn vị, các kế hoạch, dự toán kinh phí, luận chứng kinh tế kỹ thuật, các chương trình dự án, các báo cáo về kết quả hoạt động của đơn vị, các tài liệu và báo cáo khác có liên quan.
Để đối chiếu, KTV có thể thực hiện chuẩn bị sẵn các công văn yêu cầu đối chiếu giữa đơn vị được kiểm toán và các bên có liên quan. Kiểm toán viên sẽ đề nghị đơn vị được kiểm toán ký vào các văn bản đề nghị đối chiếu này, sau đó công văn này sẽ được KTV chuyển tới các bên có liên quan để đề nghị đối chiếu. Phương pháp này thường đạt được hiệu quả cao hơn vì KTV hầu như chắc chắn sẽ nhận được xác nhận từ bên có liên quan đối với các số liệu cần thẩm tra.
Kiểm toán viên xem xét sự tin cậy của các tài liệu được kiểm tra và luôn ghi nhớ rủi ro gian lận và khả năng tài liệu được kiểm tra có thể không còn nguyên bản. Trong trường hợp gian lận, có thể có hai bộ sổ sách hoặc ghi chép khác nhau, KTV có
thể tìm hiểu thêm để biết nguồn tài liệu chứng từ, hay các hệ thống kiểm soát đối việc lập hoặc lưu giữ tài liệu chứng từ.