Các nhà quản trị được đào tạo nghề quản trị chuyên nghiệp, có bề dầy kinh nghiệm nên cách thức quản trị hiện nay bài bản và khoa học.
Định hướng kinh doanh: Đã thực hiện cơ cấu lại toàn diện, sâu sắc trên tất cả các mặt hoạt động của khối ngân hàng, lấy trọng tâm là mục tiêu tài chính lợi nhuận, đảm bảo thu nhập cho người lao động làm căn cứ tính toán. Tổ chức triển khai mô hình hoạt động tín dụng phù hợp với chiến lược định hướng của Agribank trong năm 2016, hỗ trợ kinh doanh tổng thể và chiến lược riêng theo từng vùng miền, đối tượng khách hàng.
Định hướng rủi ro: Ban hành chính sách tín dụng theo từng thời kỳ và khẩu vị rủi ro của ngân hàng để định hướng các chi nhánh hoạt động kinh doanh. Chỉ đạo
toàn hệ thống đẩy mạnh công tác rà soát,thu hồi nợ xấu, nợ quá hạn, bán nợ VAMC nhằm lành mạnh hóa danh mục tín dụng đồng thời trích lập đủ dự phòng đảm bảo nguồn tài chính sẵn sàng bù đắp các sự kiện rủi ro phát sinh.
Xây dựng và hoàn thiện kế hoạch phát triển thể chế, ban hành cơ bản đầy đủ hệ thống văn bản nghiệp vụ, tạo dựng khung pháp lý đồng bộ cho hoạt động ngân hàng theo luật pháp, phù hợp với chuẩn mực và thông lệ quốc tế.
Hiện nay Agribank, mà cụ thể là bộ phận công nghệ thông tin đã xây dựng được các công cụ quản lý cho các chi nhánh thực hiện như: hệ thống thông tin dữ liệu quản lý cán bộ, quản lý rủi ro, quản lý tài sản, quản lý vốn, kiểm tra kiểm soát nội bộ…. Ngoài ra tại Agribank cũng tạo ra một số công cụ bổ sung như: Công cụ quản lý hạn mức dư nợ, công cụ quản lý điều hòa vốn giữa các đơn vị trực thuộc Agribank… Nhờ những công cụ trên Ban quản trị Agribank đã thuận lợi hơn trong việc quản trị điều hành hoạt động trong thời gian qua.
Mặt dù công tác quản trị điều hành của Agribank hiện nay tương đối tốt và phù hợp với tình hình kinh tế thị trường những vẫn còn một số hạn chế mà Agribank nên khắc phục hơn nữa: Mô hình tổ chức chồng chéo, cồng kềnh bộc lộ một số nhược điểm là thiếu sự linh hoạt; Vấn đề quản trị nội bộ thực sự được chú trọng liên quan đến các mảng từ quản trị nguồn lực, quản trị tài chính đến quản trị khách hàng, quản trị rủi ro… tuy nhiên, trong tình hình ảnh hưởng chung của kinh tế và khủng khoảng tài chính đang diễn biến phức tạp, nguy cơ các rủi ro tiềm ẩn phát sinh rất khó tránh khỏi; Công cụ quản lý cơ bản trong việc hoạch định chiến lược phát triển dài hạn là cơ sở dự liệu về phân tích, dự báo môi trường kinh doanh, đánhgiá nguồn lực và xác định tầm nhìn chung trung, dài hạn còn hạn chế.