Trước năm 1975, Chính phủ Việt Nam Cộng hòa được Tổ chức Y tế Thế giới tài trợ kinh phí xây dựng Viện Quốc gia Y tế công cộng và sau ngày Thống nhất đất nước (30/4/1975) Chính phủ Nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam tiếp quản. Đến năm 1977, Bộ Y tế Nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam ban hành Quyết định số 278-BYT/QĐ kí ngày 9/3/1977 thành lập Viện Vệ sinh Thành phố Hồ Chí Minh trên cơ sở Viện Quốc gia Y tế công cộng. Bộ Y tế tiếp tục ký kết với Tổ chức Y tế Thế giới cùng đầu tư xây dựng hoàn chỉnh các hạng mục còn thiếu như khu xét nghiệm, kí túc xá và chính thức khánh thành Viên vào ngày 24/4/1985. Viện có hai cơ sở trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh, cơ sở một tại số 159, Hưng Phú, Phường 8, Quận 8; cơ sở hai tại số 104, Huỳnh Văn Bánh, Phường 15, Quận Phú Nhuận.
Trong 50 năm hình thành và phát triển (1969 - 2019), Viện được thay đổi các tên gọi như sau:
- Viện Quốc gia Y tế công cộng: từ 1969 đến 1975 - Viện Y tế công cộng: từ 1975 đến 1976
- Viện Vệ sinh và Sốt rét Thành phố Hồ Chí Minh: từ 1976 đến 1977 - Viện Vệ sinh Thành phố Hồ Chí Minh: 1977 đến 1988
- Viện Vệ sinh – Y tế công cộng Thành phố Hồ Chí Minh: từ 2002 đến 2014 - Viện Y tế công cộng Thành phố Hồ Chí Minh: từ 2014 đến nay
Viện Y tế công cộng Thành phố Hồ Chí Minh chịu sự quản lí Nhà nước của Bộ Y tế về lĩnh vực y tế và lĩnh vực đào tạo, bồi dưỡng nhân lực ngành y tế. Ngoài ra, Viện chịu sự quản lí của Bộ Khoa học và Công nghệ về lĩnh vực nghiên cứu khoa học và quản lí hành chính của Uỷ ban nhân dân Quận 8.