Tốc độ phát triển nhanh về kinh tế, xã hội và tăng trưởng dân số ở Việt Nam đã dẫn đến việc khai thác quá mức, làm cạn kiệt tài nguyên thiên nhiên và ĐDSH tại nhiều vùng trên cả nước như phá rừng, khai thác gỗ và lâm sản ngoài gỗ, săn bắt động vật hoang dã, khai thác huỷ diệt thuỷ sinh vật, chiếm dụng và huỷ hoại các “ổ” ĐDSH nhân danh các dự án phát triển kinh tế (như thuỷ điện, khai thác khoáng sản,…)
Phá rừng, khai thác gỗ và lâm sản ngoài gỗ
Từ đầu thập kỷ 90, Chính phủ đã áp dụng chính sách đóng cửa rừng, hạn chế khai thác gỗ thương mại, nhằm bảo vệ diện tích rừng nguyên sinh (rừng đặc dụng) còn lại sau nhiều thập kỷ khai thác theo kế hoạch. Theo đó, hàng loạt khu bảo tồn đã được thành lập trên toàn quốc. Tuy nhiên, diện tích và chất lượng rừng tự nhiên vẫn tiếp tục giảm sút nghiêm trọng do nạn phá rừng và khai thác, buôn bán gỗ trái phép vẫn còn diễn ra trên toàn quốc. Hàng năm có khoảng 0,5 - 2 triệu m3 gỗ bị khai thác trái phép.
Khai thác nguồn lợi thủy sản bằng phương pháp không bền vững
Các hình thức đánh bắt thuỷ sản mang tính huỷ diệt như dùng chất nổ, chất độc, sốc điện, chài hoặc lưới mắt nhỏ dưới mức cho phép đang làm suy giảm đa dạng sinh học nghiêm trọng trong toàn bộ các hệ sinh thái đất ngập nước và biển, đe doạ sự tồn tại của hơn 80% các rạn san hô ở Việt Nam, và huỷ diệt các bãi đẻ, nguồn cá giống, tôm giống trong các vùng đất ngập nước ven bờ, nội địa.
Săn bắt và buôn bán trái phép động vật hoang dã
Hoạt động săn bắt và tiêu thụ trái phép động vật hoang dã đang là mối đe doạ lớn nhất làm suy giảm và cạn kiệt nhanh chóng các quần thể động vật ngoài tự nhiên, đặc biệt là các loài thú lớn như voi, hổ, gấu. Theo thống kê, năm 2002, số lượng động vật hoang dã bị buôn bán trái phép trong nội địa và qua biên giới Việt Nam lên tới khoảng 3.050 tấn, trị giá tương đương 66 triệu đô la. Các loài động vật hoang dã bị buôn bán phổ biến là những loài được dùng trong thành phần bào chế các loại thuốc đông y cổ truyền hay giết ăn thịt như gấu, khỉ, cầy, rùa, kỳ đà, tê tê, trăn, rắn; nhiều loài chim cũng bị bắt để bán làm chim cảnh. Nhiều bằng chứng gần đây cho thấy Việt Nam còn là nơi tiêu thụ hoặc điểm trung chuyển của các vụ buôn bán động vật hoang dã trái phép xuyên quốc gia.