- Chưa có bản mơ tả cơng việc cụ thể cho từng vị trí cơng chức. Luật Cán bộ, cơng chức hiện nay chúng ta đang kết hợp giữa chế độ công vụ chức nghiệp và chế độ công vụ việc làm. Đề án vị trí việc làm cũng đang được triển khai mạnh mẽ ở tất cả các đơn vị. Khi nào Đề án này hồn thiện thì việc đánh giá công chức với bản mô tả công việc được xác định cụ thể sẽ thuận lợi hơn rất nhiều.
- Các tiêu chí đánh giá cơng chức được xây dựng còn chung chung, luật chỉ quy định về ngun tắc, chưa có một tiêu chí xác định trong đánh giá cơng chức xã. Công chức xã làm việc ở cấp chính quyền thấp nhất, thường xuyên, hàng ngày tiếp xúc và trực tiếp giải quyết những công việc, thủ tục cho người dân; triển khai thực thi các chính sách của cấp trên. Vì vậy, đánh giá họ khơng thể áp dụng cứng nhắc những tiêu chí, phương pháp dùng cho đánh giá cơng chức các cấp chính quyền cấp trên mà cần có hệ tiêu chí và phương pháp đánh giá cho phù hợp.
- Hiệu quả cơng việc của cơng chức khó đánh giá, bởi đó khơng chỉ là hiệu quả kinh tế mà cịn là hiệu quả về mặt xã hội đan xen nhau.
- Cấp xã là nơi tập trung nhiều thành phần, đối tượng khác nhau rất đa dạng và phức tạp với đủ các thành phần xã hội, thường xuyên xảy ra những vấn đề bức xúc, liên quan đến lợi ích của người dân mà công chức xã phải giải quyết như: cơng tác quản lý hành chính, quản lý nhà nước về đất đai, đấu tranh với các loại tệ nạn xã hội, vi phạm về trật tự, an tồn giao thơng... Đối tượng tiếp xúc đa dạng, phức tạp, công chức xã làm việc cả ngày thậm chí
thường xun làm việc ngồi giờ nhưng vẫn chỉ được coi là công chức cơ sở nên nhiều công chức nảy sinh tư tưởng chán nản, ỷ lại.
- Môi trường thực thi công vụ: Môi trường dân chủ, minh bạch sẽ khuyến khích cơng chức làm việc hết mình và cũng khuyến khích đánh giá khách quan, công tâm. Ngược lại môi trường thiếu dân chủ, thiếu minh bạch sẽ làm triệt tiêu những ý kiến đánh giá khách quan, khoa học. Mỗi công sở, mỗi vùng miền đều có những đặc điểm riêng về văn hóa, tính cách con người và đều có ảnh hưởng đến hoạt động cơng vụ của cơng chức. Cùng với đó là những vấn đề về cơ hội thăng tiến, sự ảnh hưởng của từng người trong cơ quan đều có ảnh hưởng đến kết quả đánh giá.