- Phối hợp trong ngành:
+ Hoạt động phối hợp giữa lực lượng KTSTQ với các đơn vị nghiệp vụ trong ngành như: Hải quan cửa khẩu; kiểm soát chống buôn lậu; thanh tra; quản lý thuế; giám sát quản lý... được thực hiện thường xuyên; khi cần thiết lực lượng KTSTQ có thể trưng dụng chuyên gia thuộc các lĩnh vực nghiệp vụ để phục vụ công tác KTSTQ. Nguồn thông tin từ các đơn vị nghiệp vụ cung cấp cho lực lượng KTSTQ rất quan trọng trong việc đánh giá phân loại và lựa chọn đối tượng kiểm tra.
+ Nếu sự phối hợp giữa lực lượng KTSTQ và các đơn vị nghiệp vụ trong ngành Hải quan được thực hiện chặt chẽ và kịp thời sẽ giúp cho lực lượng KTSTQ có cơ sở trong việc đánh giá phân loại và lựa chọn đối tượng kiểm tra; kịp thời kiểm tra, phát hiện và ngăn chặn, xử lý các hành vi vi phạm. Mặt khác, kết quả KTSTQ được phản hồi sẽ giúp cho các đơn vị nghiệp vụ triển khai nhiệm vụ theo chức năng của mình đạt hiệu quả cao hơn.
+ Ngược lại, nếu sự phối hợp giữa lực lượng KTSTQ và các đơn vị nghiệp vụ trong ngành Hải quan thực hiện không tốt thì hiệu quả của hoạt động KTSTQ sẽ bị ảnh hưởng đáng kể và không đáp ứng yêu cầu quản lý Hải quan.
- Phối hợp ngoài ngành:
+ Trong hoạt động KTSTQ, việc phối hợp với các cơ quan, tổ chức, cá nhân ngoài ngành được thực hiện thường xuyên theo yêu cầu nhiệm vụ, bao gồm: phối hợp công tác giữa 3 ngành trực thuộc Bộ tài chính là Hải quan, Thuế, Kho bạc được triển khai thực hiện ở cấp Trung ương và ở các địa phương, được kết nối qua mạng
và duy trì thường xuyên là một kênh thông tin quan trọng phục vụ công tác KTSTQ. Ngoài ra, công tác phối hợp, trao đổi, cung cấp thông tin giữa lực lượng KTSTQ với các cơ quan có liên quan khác như ngân hàng, vận tải, bảo hiểm, quản lý thị trường, công an…
+ Nếu sự phối hợp giữa lực lượng KTSTQ với các tổ chức, cá nhân ngoài ngành được thực hiện thường xuyên, kịp thời sẽ giúp cho lực lượng KTSTQ có cơ sở trong việc củng cố chứng cứ, kết luận và xử lý hành vi vi phạm; tăng cường hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý Hải quan. Ngược lại, nếu sự phối hợp giữa lực lượng KTSTQ với các tổ chức, cá nhân ngoài ngành Hải quan thực hiện không tốt, nhiều vụ việc sẽ bị kéo dài và đạt hiệu quả thấp.