Hiện nay, về thể chế chúng ta chưa có cơ quan điều phối thống nhất về bảo tồn ĐDSH. Hệ thống văn bản pháp lý, chính sách còn bất cập, thiếu văn bản hướng dẫn. Đặc biệt, hiệu quả thực thi pháp luật chưa cao. Điều này chứng tỏ công tác quản lý nhà nước về bảo tồn đa dạng sinh học còn chưa đáp ứng kịp với yêu cầu thực tế. Lực lượng làm công tác bảo tồn, đặc biệt tại các khu bảo tồn thiên nhiên còn thiếu về số lượng, còn yếu về năng lực, chưa đủ các trang thiết bị cần thiết. Công tác xử phạt các hành vi vi phạm pháp luật về bảo tồn còn chưa phù hợp cũng có thể xem là nguyên nhân cho ngày càng gia tăng những vụ lâm tặc, ngư tặc, buôn bán trái phép động, thực vật hoang dã.
Khai thác tài nguyên làm mất rừng
Đầu tư kinh phí thực hiện công tác bảo tồn ĐDSH từ nguồn ngân sách nhiều nhưng còn dàn trải, thiếu trọng điểm và hiệu quả đầu tư còn thấp. Khoảng gần 90% kinh phí đầu tư cho đa dạng sinh học được chi cho công tác xây dựng cơ bản, trong khi đó, chỉ có hơn 10% dành cho hoạt động trực tiếp về bảo tồn và quản lý ĐDSH.
Công tác điều tra cơ bản về tài nguyên sinh vật và lĩnh vực bảo tồn ĐDSH tuy đã được triển khai từ nhiều năm qua và đã có những thành tựu nhất định, tuy nhiên, vẫn chưa đầy đủ và hệ thống. Điều đó thể hiện ở chỗ: chưa thực hiện được công tác quan trắc đa dạng sinh học; chưa có cơ sở dữ liệu thống nhất, tập trung có hệ thống về ĐDSH của cả nước; lực lượng nghiên cứu về bảo tồn còn thiếu và hạn chế về năng lực cũng như các phương tiện và môi trường làm việc.