Là một quốc gia khan hiếm tài nguyên thiên nhiên, nền kinh tế Nhật Bản phát triển chủ yếu dựa vào sự phát triển của công nghệ và các lĩnh vực công nghiệp. Do đó, hầu hết các dự án của Nhật Bản vào Việt Nam đều có trình độ công nghệ cao, tập trung phần lớn vào các lĩnh vực công nghiệp mũi nhọn mà Việt Nam đang chú trọng phát triển như: sản xuất vật liệu xây dựng, công nghiệp ô tô, xe máy; hàng điện tử và cơ khí cao cấp.
Thời gian đầu các dự án đầu tư của Nhật Bản chủ yếu tập trung vào lĩnh vực khai thác tài nguyên thiên nhiên và phát triển dịch vụ. Từ thập kỉ 70-80, Nhật Bản gặp phải tình trạng ô nhiễm môi trường nghiêm trọng do hậu quả của quá trình công nghiệp hóa rút ngắn theo phương thức cổ điển, khai thác thiên nhiên cũng đồng thời tàn phá thiên nhiên. Vì vậy, chiến lược đầu tư của Nhật Bản cuối thập niên 80 vào Châu Á nói chung và Việt Nam nói riêng đều nhằm vào khai thác nguyên liệu, đồng thời chú trọng vào chuyển giao những ngành mà Nhật Bản mất lợi thế cạnh tranh và những ngành gây ô nhiễm môi trường. Hơn thế nữa, trong giai đoạn thời kì đầu mới mở cửa để thu hút đầu tư, cơ sở hạ tầng, kĩ thuật của Việt Nam còn lạc hậu đã làm hạn chế việc đầu tư vào ngành công nghiệp chế tạo. Chính vì thực trạng của nền kinh tế Việt Nam giai đoạn này nên đã không khuyến khích được nguồn FDI của Nhật Bản vào lĩnh vực công nghiệp chế tạo.
Từ nửa sau thập kỷ 90, cơ cấu đầu tư theo ngành của FDI Nhật Bản đã có những chuyển biến tích cực, phù hợp với chiến lược phát triển kinh tế -xã hội của
Việt Nam. Các nhà đầu tư chú trọng phát triển ngành công nghiệp điện tử, vật liệu xây dựng, sản xuất lắp ráp ô tô, xe máy. Môi trường đầu tư Việt Nam ngày càng phù hợp cho sự phát triển các ngành công nghiệp nặng như: nhân lực dồi dào, tài nguyên phong phú, các ưu đãi về thuế suất…và sức hút từ một thị trường Việt Nam tiềm năng với nhu cầu ngày càng lớn về nguyên vật liệu phục vụ cho quá trình phát triển và đô thị hóa đã kích thích dòng vốn đầu tư của Nhật Bản chuyển hướng sang đầu tư vào các ngành công nghiệp của Việt Nam.
Năm 2000, số dự án vào công nghiệp chiếm 1/3 tổng số dự án Nhật Bản đầu tư vào Việt Nam. Chỉ sau 3 năm tỷ lệ này đã tăng lên đáng kể, có 296 dự án của Nhật Bản đầu tư vào lĩnh vực công nghiệp với tổng số vốn đầu tư 3,4 tỷ USD (chiếm hơn 2/3 số dự án và 76,1 % tổng số vốn đầu tư). Tỷ lệ này tăng nhanh chóng thể hiện sự quan tâm của các nhà đầu tư Nhật Bản vào lĩnh vực công nghiệp.
Tính đến ngày 24 tháng 2 năm 2011, vốn đầu tư của Nhật Bản tập trung chủ yếu vào lĩnh vực công nghiệp với 917 dự án có tổng số vốn đầu tư là 18,79 tỷ USD (chiếm 67,85% số dự án và 89,65% tổng số vốn đầu tư). Các nhà đầu tư Nhật Bản ngày càng có nhiều dự án có quy mô lớn, đặc biệt là các dự án ở khu vực phía Bắc Việt Nam, điều này phản ánh doanh nghiệp Nhật có sự tìm hiểu thị trường rất kỹ lưỡng cũng như có niềm tin vào hiệu quả đầu tư tại Việt Nam từ đó thực hiện những dự án đầu tư quy mô lớn hơn.
Bảng 1: FDI của Nhật Bản vào Việt Nam phân theo ngành
(Từ ngày 01/01/1988 đến ngày 24/02/2011)
TT Chuyên ngành Số dự án Tổng vốn đầu tư Vốn điều lệ
1 CN chế biến,chế tạo 884 18,115,579,335 4,478,700,925
3 Xây dựng 28 576,475,941 113,129,502
4 Bán buôn,bán lẻ;sửa chữa 72 324,132,129 151,336,751
5 Tài chính,ngân hàng,bảo hiểm 7 175,789,474 166,989,474
6 KD bất động sản 16 158,203,944 62,858,130
7 Nông,lâm nghiệp;thủy sản 29 114,558,560 60,257,567
8 Vận tải kho bãi 41 106,506,827 59,554,272
9 Khai khoáng 5 99,991,626 99,441,626
10 Dịch vụ lưu trú và ăn uống 22 98,967,674 57,271,740
11 HĐ chuyên môn, KHCN 117 95,775,252 36,748,015
12 Nghệ thuật và giải trí 8 34,755,394 15,182,572
13 Cấp nước;xử lý chất thải 5 10,094,000 6,794,000
14 Dịch vu khác 8 10,094,000 3,114,000
15 Hành chính và dvu hỗ trợ 9 7,578,361 5,688,361
16 SX,phân phối điện,khí,nước,đhòa 3 5,730,000 5,030,000
17 Giáo dục và đào tạo 13 4,289,400 1,673,000
18 Y tế và trợ giúp XH 2 1,700,000 400,000
Tổng cộng 1431 20,962,423,670 5,857,818,226
Nguồn: Cục Đầu tư nước ngoài –Bộ Kế Hoạch đầu tư
Một đặc điểm đáng chú ý trong cơ cấu đầu tư của FDI Nhật Bản vào Việt Nam là xu hướng đầu tư vào lĩnh vực dịch vụ ngày càng gia tăng. Từ năm 2004 trở lại đây, tỷ trọng ngành dịch vụ trong vốn FDI của Nhật Bản vào Việt Nam có dấu hiệu tăng trưởng trở lại. Trong nỗ lực chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng công nghiệp hóa hiện đại hóa, Chính phủ Việt Nam đã có những chủ trương, chính sách tạo điều kiện thuận lợi thu hút FDI nói chung và FDI Nhật Bản nói riêng vào các ngành dịch vụ. Do đó, các doanh nghiệp Nhật Bản đang dần quan tâm trở lại tới lĩnh vực này. Năm 2005, số dự án đầu tư vào ngành dịch vụ là 117 dự án, chiếm 19,5% số dự án. Đến năm 2008, con số này tăng lên đáng kể với 265 dự án chiếm 26% số dự án Nhật Bản đầu tư vào Việt Nam. Theo ông Koichi Takano, Phó trưởng đại diện Tổ chức Xúc tiến Thương mại Nhật Bản (Jetro) tại Hà Nội đánh giá về xu hướng đầu tư của các doanh nghiệp Nhật Bản trong những năm gần đây thì các doanh nghiệp Nhật Bản ngày càng quan tâm đến các ngành như xây dựng, phân phối bán lẻ và dịch vụ khác trong khi quan tâm phát triển hoạt động chế biến, chế tác đã giảm hơn so với
giai đoạn trước. Tính đến ngày 24 tháng 2 năm 2011, tổng số dự án Nhật Bản đầu tư vào lĩnh vực dịch vụ là 485 dự án với tổng số vốn đầu tư 2,05 tỷ USD.
Riêng đối với ngành nông-lâm-ngư nghiệp, sự phân bổ nguồn vốn đầu tư còn rất hạn chế, chỉ chiếm một tỷ lệ rất nhỏ trong tổng đầu tư trực tiếp của Nhật vào Việt Nam. Điều này cũng dễ lý giải bởi đây là lĩnh vực đầu tư mang rủi ro cao do chịu tác động của thiên nhiên, cơ sở hạ tầng, kỹ thuật còn lạc hậu và do chính sách thu hút đầu tư vào nông nghiệp chưa có những định hướng rõ ràng, cụ thể để hấp dẫn các nhà đầu tư.