Cũng như các đối tác khác, Nhật Bản vẫn thường đầu tư chủ yếu dưới ba hình thức: 100% vốn nước ngoài, liên doanh và hợp đồng hợp tác kinh doanh. Thời kì đầu, Nhật Bản chủ yếu đầu tư theo hình thức liên doanh, nửa sau những năm 1990 các công ty của Nhật chú ý hơn đến loại hình đầu tư 100% vốn. Sau đó, số dự án theo loại hình 100% vốn dần tăng mạnh. Năm 1998 loại hình này mới chỉ chiếm 42%, đến năm 2008 con số này đã là 77%. Trong thời gian gần đây, dự án theo hình thức 100% vốn là chủ yếu. Điều này phản ánh các nhà đầu tư Nhật Bản ngày càng
tin tưởng vào môi trường đầu tư tại Việt Nam, sẵn sàng thúc đẩy mạnh dạn hơn nữa hoạt động đầu tư theo hình thức này
Bảng 3: FDI của Nhật Bản vào Việt Nam phân theo hình thức đầu tư
(chỉ tính các dự án còn hiệu lực đến ngày 31 tháng 12 năm 2010)
STT Hình thức đầu tư Số dự án Tổng số vốn đầu tư (USD) Vốn điều lệ(USD) 1 100% vốn nước ngoài 1125 9.912.512.235 3.485.612.986 2 Liên doanh 234 9.439.313.321 1.463.644.629 3 Hợp đồng hợp tác kinh doanh 19 447.660.356 447.660.356 4 Hợp đồng BT, BOT, BTO 1 9.375.000 3.125.000 5 Công ty cổ phần 17 929.088.858 300.684.741 6 Công ty Mẹ-Con 1 98.008.000 82.958.000 Tổng cộng 1397 20.835.957.776 5.783.685.712
Nguồn: Cục đầu tư nước ngoài-Bộ Kế Hoạch và Đầu tư
Tính đến ngày 31 tháng 12 năm 2010, các dự án FDI của Nhật Bản tại Việt Nam theo hình thức 100% vốn nước ngoài chiếm 80,52% số dự án và 47,57% vốn đầu tư. Tiếp theo là đầu tư theo hình thức liên doanh với 234 dự án, tổng số vốn đầu tư là 9,43 tỷ USD (chiếm 16,75% số dự án và 45,3% vốn đầu tư). Còn lại là các dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh, hợp đồng BT, BOT, BTO và công ty cổ phần. 3 hình thức này chiếm một lượng rất nhỏ trong tổng số dự án đầu tư (tổng cả 3 hình thức chiếm 2,64% số dự án và 6,6% vốn đầu tư). Đặc biệt, năm 2005, Nhật Bản đã có công ty hoạt động với hình thức công ty Mẹ-Con đầu tiên có vốn FDI đầu tiên tại Việt Nam. Đó là công ty Panasonic của tập đoàn Matsushia của Nhật Bản.