2.4.2.1 Những hạn chế:
Thứ nhất, đó là sự mất cân đối đầu tư trên địa bàn các tỉnh phía Bắc. Các dự án FDI của Nhật Bản chủ yếu tập trung vào các tỉnh là Hà Nội, Hải Phòng, Bắc Ninh, Vĩnh Phúc, Hưng Yên, Hải Dương. Các tỉnh này chiếm tới hơn 96,52% tổng vốn đầu tư và số dự án của Nhật Bản vào các tỉnh phía Bắc trong khi đó đầu tư vào các tỉnh khác còn rất nhỏ lẻ và chưa hiệu quả. Có một số tỉnh mới chỉ có 1 dự án như Sơn La, Lặng Sơn, Ninh Bình…Thậm chí có những tỉnh có điều kiện thuận lợi
về điều kiện cơ sở hạ tầng, tự nhiên trong việc thu hút vốn đầu tư nước ngoài như tỉnh Quảng Ninh nhưng lại không là sự lựa chọn hàng đầu của các nhà đầu tư Nhật Bản, tổng số vốn đầu tư của Nhật Bản vào tỉnh Quảng Ninh chỉ vào khoảng 30,9 triệu USD, một mức rất khiêm tốn và thực sự chưa xứng với tiềm năng của tỉnh.
Thứ hai, lượng vốn đầu tư vào Việt Nam nói chung và miền Bắc nói riêng thiếu sự ổn định, có sự thay đổi theo những biến động của kinh tế thế giới và sự lên xuống của đồng Yên. Việc tỷ giá đồng Yên lên xuống thất thường đã gây cản trở cho các công ty đẩy mạnh đầu tư. Đồng Yên lên giá làm cho các công ty Nhật Bản tăng đầu tư trực tiếp ra nước ngoài bởi còn nếu đồng Yên giảm giá so với đồng USD thì các nhà đầu tư Nhật Bản cũng sẽ ngừng đầu tư hoặc đầu tư ra nước ngoài ít hơn. Năm 2008, 2009 vừa qua, với ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng nền kinh tế thế giới cũng ảnh hưởng đến FDI của Nhật Bản vào khu vực phía Bắc nước ta. Năm nay, Nhật Bản vừa mới trải qua trận động đất, sóng thần mạnh nhất trong lịch sử ảnh hưởng rất nhiều đến nền kinh tế Nhật Bản cũng như có thể ảnh hưởng đến FDI của nước này ra nước ngoài bởi vậy chúng ta cần có những biện pháp để duy trì lượng vốn ổn định, đi trước đón đầu những thách thức.
Thứ ba, bên cạnh đó vẫn còn một số lượng đáng kể các doanh nghiệp FDI hoạt động kém hiệu quả, dẫn tới bị giải thể hoặc bị thu hồi giấy phép đầu tư trước thời hạn. Theo kết quả điều tra của JETRO năm 2010 có 20,8% doanh nghiệp FDI Nhật Bản hoạt động thua lỗ ở Việt Nam. Thực trạng này ít nhiều ảnh hưởng tiêu cực tới tâm lý của các nhà đầu tư tiềm năng khác.
Thứ tư, xét về lĩnh vực đầu tư, dòng vốn FDI Nhật Bản phân bố không đồng đều, chỉ tập trung vào lĩnh vực công nghiệp chế biến, chế tạo. Lĩnh vực này chiếm tới 86,4% nguồn vốn FDI Nhật Bản vào Việt Nam. Trong khi một số lĩnh vực mà Nhật Bản có thế mạnh thì Nhật Bản chưa đầu tư nhiều vào Việt Nam như lĩnh vực
tài chính và bảo hiểm, lĩnh vực kinh doanh bất động sản, lĩnh vực phân phối bán lẻ. Lượng vốn đầu tư vào một số lĩnh vực chưa xứng với tiềm lực của Nhật Bản.