Cùng với sự chậm trễ về cải thiện cơ sở hạ tầng, thiếu nguồn lao động tay nghề cao thì sự chậm trễ trong việc phát triển ngành công nghiệp phụ trợ là những rào cản lớn nhất hiện nay khi các nhà đầu tư nước ngoài, nhất là nhà đầu tư Nhật Bản đề cập đến những khó khăn khi đầu tư vào Việt Nam.
Công nghiệp phụ trợ là nền tảng cho sự phát triển của các ngành công nghiệp chính yếu. Mặt khác, một trong những đặc điểm cơ bản của FDI Nhật Bản là tập trung chủ yếu vào các ngành công nghiệp sản xuất máy móc với mức độ yêu cầu chất lượng cao và tương đối phức tạp. Để sản xuất ra một sản phẩm, các doanh nghiệp Nhật Bản cần rất nhiều công đoạn. Bản thân các công ty này hiện cũng chỉ giữ lại trong quy trình của mình các khâu nghiên cứu, phát triển sản phẩm hay lắp ráp, đồng thời thuê các nhà cung cấp nội địa chuyên môn hóa gia công các công đoạn của sản phẩm. Do đó, công nghiệp phụ trợ được xem là yêu cầu then chốt để Việt Nam tiếp tục thu hút được dòng vốn đầu tư từ Nhật Bản.
Nhìn chung công nghiệp phụ trợ của Việt Nam vẫn đang trong giai đoạn sơ khai, manh mún. Cho đến nay, công nghiệp phụ trợ ở nước ta chủ yếu vẫn do các doanh nghiệp nhà nước phần lớn sản xuất, cung cấp những sản phẩm có chất lượng
thấp và giá thành cao vì công nghệ lạc hậu, quản lý còn yếu… nên chỉ tiêu thụ được trong nội bộ các doanh nghiệp nhà nước. Một bộ phận khác là các hộ kinh doanh cá thể phần lớn sản xuất những sản phẩm công nghiệp phụ trợ cấp thấp đang gặp khó khăn về vốn và công nghệ. Bên cạnh đó, trong số doanh nghiệp Việt Nam làm công nghiệp phụ trợ có rất ít các doanh nghiệp cung ứng linh kiện. Hiện nay chủ yếu là các nhà cung ứng linh kiện Nhật Bản đang đầu tư vào Việt Nam, tiếp theo là các doanh nghiệp Đài Loan, cuối cùng mới là các doanh nghiệpViệt Nam. Công ty Nhật Bản chỉ mua 24% phụ tùng, linh kiện từ Việt Nam, còn lại thì phải nhập khẩu trong khi ở Thái Lan con số này là 55,6%, Indonesia 44,3%.
Việt Nam hiện vẫn thiếu các cơ sở sản xuất nguyên vật liệu cơ bản như sắt, thép, nguyên liệu nhựa, cao su kỹ thuật, hóa chất cơ bản, linh kiện điện tử, bông sợi, da…Trong khi đó, công nghệ gia công còn lạc hậu, công suất thấp, giá thành cao, chất lượng không ổn định như các khâu đúc tạo phôi, rèn ép, mài, gia công, xử lý bề mặt, sản xuất khuôn mẫu... Ngoài ra, sức cạnh tranh của các cơ sở sản xuất công nghiệp phụ trợ còn thấp, thiếu sự phối kết hợp, phân giao chuyên môn hóa giữa các cơ sở sản xuất phụ trợ và hầu như thiếu hẳn sự phối hợp, phân giao sản xuất, liên kết giữa nhà sản xuất chính với các nhà thầu phụ, giữa các nhà thầu phụ với nhau, giữa các doanh nghiệp FDI với các doanh nghiệp nội địa.
Một vấn đề khác là môi trường kinh tế, pháp luật của Việt Nam hiện chưa tạo đủ điều kiện để các thành phần kinh tế mạnh dạn đầu tư vào các khâu sản xuất phụ trợ với định hướng phát triển dài hạn, bền vững trong bối cảnh hội nhập. Các mối liên kết kinh tế chủ yếu theo ngành dọc. Hệ thống thuế chưa có tác dụng tích cực thúc đẩy công nghiệp phụ trợ phát triển. Dung lượng thị trường cũng còn nhỏ, chưa đảm bảo quy mô công suất sản xuất kinh tế đối với công nghiệp phụ trợ.
Với tình trạng như hiện nay, để thu hút hiệu quả nguồn vốn FDI của Nhật Bản, Việt Nam cần nỗ lực hơn nữa trong việc giải quyết sớm bài toán phát triển ngành công nghiệp hỗ trợ cùng với những vướng mắc khác đang tồn tại trong ngành nay.