Thứ nhất, về cơ chế hành chính. Mặc dù đã có những tiến bộ rõ rệt về tính thông thoáng, gọn nhẹ trong thủ tục, quy trình cấp phép của các tỉnh miền Bắc nói chung nhưng ở một số tỉnh như Phú Thọ, Quảng Ninh, Hưng Yên,…thì cơ chế một cửa vẫn chưa thực sự được triển khai có hiệu quả.
Thứ hai, đó là những yếu kém của cơ sở hạ tầng phục vụ đầu tư của các tỉnh phía Bắc. Trong đó hạ tầng điện và hạ tầng cảng là mối quan tâm lớn nhất hiện nay. Một số địa bàn có điều kiện tự nhiên và vị trí thuận lợi như Hải Phòng và Quảng Ninh thì cơ sở hạ tầng chưa hoàn thiện để thu hút được nhiều nguồn vốn FDI của Nhật Bản chưa tương xứng với tiềm năng của các tỉnh này.
Thứ ba, đó là khả năng yếu kém hay buông lỏng quản lý của một số cơ quan chức năng đầu tư cấp địa phương. Các cơ quan này đã không có sự thẩm định kỹ càng về dự án đầu tư nên đôi khi gây ra hiện tưởng nhà đầu tư không có khả năng nhưng vẫn được cấp phép rồi rơi vào tình trạng đình trệ trong sản xuất, làm ăn thua lỗ.
Thứ tư, ngành công nghiệp hỗ trợ chưa phát triển. Trong khi đó, các doanh nghiệp Nhật Bản chủ yếu tập trung đầu tư vào lĩnh vực công nghiệp chế tạo, chế biến cho nên yêu cầu về nguồn cung của ngành công nghiệp hỗ trợ là rất lớn. Không có nguồn cung ứng tại chỗ buộc các nhà đầu tư phải nhập linh kiện, khiến giá thành cao, sức cạnh tranh giảm.
Chương III: Triển vọng và giải pháp tăng cường thu hút đầu tư trực tiếp của Nhật Bản vào khu vực phía Bắc Việt Nam: