Đây là vấn đề mà rất nhiều doanh nghiệp Nhật Bản đưa ra ý kiến khi đầu tư vào Việt Nam. Hệ thống pháp luật Việt Nam vẫn còn tồn tại một số nhược điểm gây khó khăn cho các nhà đầu tư. Trong đó nhược điểm lớn nhất là hệ thống pháp luật chưa minh bạch, ổn định. Hệ thống pháp luật không chỉ thiếu luật mà còn thay đổi luật một cách thường xuyên và rất nhanh chóng. Chính sự thiếu minh bạch của pháp luật đã tạo những kẽ hở cho tệ nạn tham nhũng, lộng quyền, gây phiền hà cho các nhà đầu tư, làm xấu đi môi trường đầu tư. Theo công bố của tổ chức minh bạch quốc tế (TI), năm 2010, mức độ tham nhũng ở Việt Nam xếp hạng 116 trên 178 quốc gia và vùng lãnh thổ, kém xa các nước khác trong khu vực: Singapore đứng thứ 1, Thái Lan và Trung Quốc đứng thứ 78, Malaysia đứng thứ 56, Indonesia đứng thứ 110. Còn xét trong 63 tỉnh thành của Việt Nam thì hầu hết các tỉnh ở miền Bắc tính minh bạch chưa được đánh giá cao: Hà Nội 5,62/10 điểm đứng thứ 40, Ninh Bình đứng thứ 41, Vĩnh Phúc đứng thứ 42,Hà Nam đứng thứ 43, Phú Thọ đứng thứ 44, Thái Nguyên đứng thứ 46, Hưng Yên đứng thứ 47, và một số tỉnh như Hải Phòng, Nam Định, Cao Bằng, Hà Giang, Sơn La, Hòa Bình ở tốp cuối của bảng xếp hạng. Các nhà đầu tư khó tiếp cận tài liệu, thông tin của tỉnh.
Nhược điểm thứ hai là các văn bản quy phạm phát luật thiếu tính nhất quán về nội dung và thời hiệu thi hành. Sự mâu thuẫn và chống chéo giữa các luật, nghị định, thông tư với nhau đã gây khó khăn cho các nhà đầu tư khi thi thi hành pháp luật. Bên cạnh đó, quy định giữa các địa phương cũng không thống nhất gây trở ngại cho nhà đầu tư khi muốn nộp hồ sơ đầu tư.
Nhược điểm thứ ba là các thủ tục hành chính còn rất rườm rà. Thủ tục hành chính của Việt Nam tuy đã có nhiều cải thiện nhưng vẫn là yếu tố gây cản trở đối với các nhà đầu tư. Quá trình làm các thủ tục hành chính từ khâu nộp đơn đến khâu
ra quyết định cuối cùng còn quá lâu và không trong sạch. Theo báo cáo điều tra các doanh nghiệp Nhật Bản của JETRO công bố tại hội thảo “Kinh tế Việt Nam” ở Tokyo vào cuối tháng 2 năm 2010 vừa rồi thì hạn chế lớn nhất khi các nhà đầu tư Nhật Bản hoạt động tại Việt Nam là sự phức tạp của thủ tục hành chính(67,2% doanh nghiệp).