Thứ nhất, trong hoạt động thu hút và sử dụng vốn FDI, nhiều trường hợp dẫn đến thua thiệt cho nước nhận đầu tư. Do hoạt động FDI diễn ra trong nền kinh tế thị trường cạnh tranh, trong khi các nhà ĐTNN có nhiều kinh nghiệm, sành sỏi trong kinh doanh còn phía bên tiếp nhận thường thiếu kinh nghiệm, có nhiều sơ hở trong đàm phán ký kết hợp đồng. Ngoài ra, nước sở tại còn có thể bị “chảy máu chất xám” và dòng ngoại tệ chảy ngược, bởi vì các dự án FDI thu hút các nhà quản lý giỏi ở nước sở tại và chuyển về nước nhiều lợi nhuận từ đầu tư, từ ưu đãi thuế và thậm chí còn cả thủ đoạn trốn thuế. Về nguồn nhân lực và chất lượng nguồn nhân lực ở nước nhận vốn, một khía cạnh khác cũng cần phải được xem xét, đó là những tác động của vốn FDI đến việc phân bố lại lao động có chất lượng trong nền kinh tế của nước nhận vốn. Về mặt lý thuyết, nguồn nhân lực có chất lượng cao được thu hút về các khu vực có mực thu nhập cao, thể hiện sự phân bổ và sử dụng có hiệu quả nguồn nhân lực. Nhưng trong khoảng thời gian ngắn hạn, khi chính phủ các nước tiếp nhận vốn chưa kịp thay đổi các chính sách và mức thu nhập cho lao động của khu vực Chính phủ, mà thông thường ở các nước đang phát triển, khu vực này là khu vực có thu nhập thấp hơn so với các khu vực có vốn
ĐTNN, thì có nghĩa là khu vực chính phủ sẽ là khu vực có chất lượng nguồn nhân lực kém hơn tương đối so với khu vực có vốn ĐTNN và không khuyến khích nâng cao chất lượng lao động trong bản thân khu vực này.
Thứ hai, vì mục tiêu đầu tư của mình, các nhà ĐTNN thường đầu tư vào các ngành, lĩnh vực nhiều khi không trùng khớp với mong muốn với nước sở tại, làm cho các mục tiêu thu hút và sử dụng vốn FDI của nước sở tại bị ảnh hưởng. Nguồn vốn FDI mang lại cho nước chủ nhà, song trên thực tế do chủ ĐTNN quản lý trực tiếp và sử dụng theo những tiêu thức cụ thể của mình (trong khuôn khổ pháp luật của nước chủ nhà). Nếu không có những quy hoạch và cơ chế quản lý vốn FDI hữu hiệu có thể dẫn đến tình trạng đầu tư tràn lan, kém hiệu quả, tài nguyên thiên nhiên bị khai thác quá mức, ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, cơ cấu kinh tế bị méo mó hoặc chậm được cải thiện, tích tụ những nguy cơ mất ổn định đời sống kinh tế, xã hội của quốc gia như: dòng vốn FDI rút ra đột ngột, sự sa thải công nhân đồng loạt…
Thứ ba, chuyển giao công nghệ là mặt tích cực của FDI, song nó có thể có nhiều hạn chế và tiêu cực. Nhiều nhà đầu tư thường chuyển giao nhỏ giọt, từng phần và thông thường là công nghệ lạc hậu. Không ít trường hợp, việc nhận vốn FDI đi liền với việc du nhập những công nghệ lạc hậu với giá đắt đỏ, gây ra những chi phí lớn cho sự dỡ bỏ, thay thế hoặc khắc phục hậu quả về sau, đồng thời làm tăng thêm ô nhiễm môi trường.
Mặt dù vậy, không thể đánh giá rằng “các nước đang phát triển trở thành những bãi rác thải của thế giới” như một số ý kiến nhận định, bởi vì điều đó không phù hợp với thực tế. Chẳng hạn, việc chuyển giao công nghệ từ nước ngoài vào Việt Nam được thực hiện thông qua các hợp đồng và được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học và công nghệ chuẩn y. Hơn nữa, chính các nhà đầu tư vì lợi ích của họ nên cần chuyển vào nước nhận đầu tư các công nghẹ thích hợp để doanh nghiệp FDI hoạt động sinh lợi, đảm bảo chất lượng sản phẩm, tính cạnh tranh trên thương trường.
Thứ tư, sự lấn át của doanh nghiệp FDI có thể làm tăng sự phá sản của những cơ sở kinh tế trong nước và các ngành nghề truyền thống, làm tăng tâm lý sùng ngoại. Mặt khác, mức thu nhập chênh lệch quá mức giữa lao động trong các doanh nghiệp FDI với các cơ sở kinh tế trong nước sẽ đẩy nhanh sự phân hóa giàu nghèo, tác động không nhỏ đến vấn đề chính trị, xã hội của nước nhận đầu tư. Bên cạnh đó, trong số các nhà ĐTNN không phải không có trường hợp hoạt động tình báo, gây rối an ninh, chính trị, phụcvụ cho mục tiêu diễn biến hòa bình…