Thứ nhất, sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp ủy đảng các cấp còn nhiều bất cập:
+ Sự lãnh đạo, chỉ đạo của các cấp ủy đảng, chính quyền, của một số cấp, ngành, cơ quan, đơn vị với công tác chống tham nhũng tiêu cực thiếu tích cực, chưa thường xuyên và triệt để. Chưa phát động được phong trào đấu tranh mạnh mẽ, rộng khắp trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, nhất là ở các cơ quan doanh nghiệp; thiếu những quy định, cơ chế cụ thể để nhân dân tích cực giám sát, kiểm tra, tham gia cuộc đấu tranh chống tham nhũng có hiệu quả. Tổ chức Đảng, chính quyền và các đoàn thể của quần chúng tuy ở ngay cơ sở, hoạt động hàng ngày cùng với dân nhưng lại xa dân, không sát dân, không thấu hiểu cuộc sống của dân... rơi vào tình trạng quan liêu, hành chính hóa nặng nề.
+ Các tổ chức, đoàn thể trong hệ thống chính trị đã không phân định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn. Hoạt động lẫn lộn, chồng chéo, ít hiệu quả thiết thực, nặng về hình thức, lãng phí tiền của, công sức, thời gian và nhân lực mà phong trào ở cơ sở vẫn yếu kém, đời sống nhân dân không được cải thiện, các mục tiêu dân chủ, công bằng thực hiện ít hiệu quả. Vai trò lãnh đạo của Đảng bộ, chi bộ bị giảm sút. Nội bộ Đảng ở không ít nơi mất đoàn kết, ảnh hưởng của tâm lý dòng họ, cục bộ địa phương xâm nhập vào tổ chức và sinh hoạt đang gây ra những hậu quả tiêu cực làm giảm sút nghiêm trọng uy tín, tính chiến đấu, tính tiên phong của tổ chức Đảng. Tổ chức Đảng, hoặc buông lỏng lãnh đạo, hoặc bao biện làm thay, can thiệp vào công việc của chính quyền, đoàn thể. Công tác giáo dục, tuyên truyền và kiểm tra bị xem nhẹ. Những nguyên tắc trong sinh hoạt Đảng, nhất là tập trung dân chủ, phê bình và tự phê bình bị vi phạm và xem nhẹ.
Thứ hai, vai trò quản lý yếu kém của các cấp chính quyền.
+ Chính quyền các cấp ở nhiều nơi hoạt động không có nề nếp. Phương pháp làm việc, cung cách quản lý tuỳ tiện, luộm thuộm. Hội đồng nhân dân hoạt động hình thức. Ở một số nơi, đại biểu Hội đồng nhân dân
không đại diện được ý chí, quyền lực, nguyện vọng của dân, xa dân, trình độ hạn chế, không giám sát, kiểm tra được ủy ban nhân dân.
+ Uỷ ban nhân dân không làm tròn chức năng là cơ quan chấp hành của Hội đồng nhân dân; quản lý hành chính nhà nước không tuân thủ nghiêm ngặt chủ trương, chính sách, pháp luật nhà nước, nhất là trong vấn đề quản lý đất đai, tài chính, trật tự trị an. Tình trạng lệ làng cao hơn phép nước vẫn tồn tại ở nhiều địa phương theo kiểu: xã đùn đẩy trách nhiệm cho thôn, thôn vừa buông lỏng tự quản, vừa vượt thẩm quyền của xã. Ở một số địa phương, mối quan hệ giữa xã và thôn, giữa quản lý nhà nước ở cấp xã và tự quản của cộng đồng dân cư ở thôn không rõ ràng, vi phạm quyền dân chủ, làm chủ của nhân dân, nhất là sự tuỳ tiện ra những quyết định, những huy động đóng góp của dân mà không thông qua dân, không được đa số dân đồng tình ủng hộ. Mặt trận và các đoàn thể hoạt động hình thức, cầm chừng, không thiết thực nên không thu hút được sự tham gia của quần chúng. Mặt khác, sự giám sát của nhân dân là rất quan trọng nhưng chưa được coi trọng đúng mức. Tuy nhiên, cũng phải thấy rằng, trong tình hình hiện nay ý kiến đóng góp của nhân dân còn bị hạn chế rất nhiều, song tâm lý "nể nang", "dĩ hòa vi quý", "không muốn mất lòng", "trọng tình hơn lý", hay nể nang tùy tiện vốn là thói quen trong cách ứng xử của con người Việt Nam, nên không tiện nói ra. Cũng có trường hợp sợ bị trù úm, thậm chí sợ bị trả thù đối với con, cháu, người thân trong gia đình nên không dám đấu tranh, không dám chỉ ra những hiện tượng tham nhũng, tiêu cực của cán bộ, đảng viên. Vì vậy, công việc đấu tranh chống tham nhũng gặp nhiều khó khăn. Sự yếu kém của công tác cán bộ và đội ngũ cán bộ, đảng viên:
+ Chất lượng đội ngũ cán bộ còn thấp, bất cập so với yêu cầu, nhiệm vụ cả về học vấn, lý luận, chuyên môn. nghiệp vụ nên hạn chế rất nhiều trong giải quyết công việc nhất là vận động, tuyên truyền, thuyết phục quần chúng. Một bộ phận cán bộ, đảng viên thoái hóa, biến chất, tham ô, tham nhũng, làm giàu bất chính, gây bất bình trong dân.
+ Công tác cán bộ còn những bất cập, từ khâu bồidưỡng, tuyển chọn, đánh giá, đề bạt, bố trí thuyên chuyển đến xử lý cán bộ. Việc lựa chọn cán bộ vào các vị trí quan trọng, vị trí đứng đầu vẫn còn thiếu dân chủ, công khai, nên vẫn còn nhiều chỗ hở để một số phần tử cơ hội tham nhũng, tiêu cực; hoặc bao che cho hành vi tham nhũng, tiêu cực.
+ Công tác kiểm tra, giám sát, giáo dục, rèn luyện cán bộ bị xem nhẹ, bị buông lỏng, nhiều vụ việc vi phạm kéo dài không được phát hiện kịp thời. Những yêu cầu của dân, khiếu nại, tố cáo của dân về những hành vi không thực hiện đúng theo pháp luật không được điều tra giải quyết nghiêm minh. Vũ khí tự phê bình và phê bình trước những tiêu cực của cơ chế thị trường tỏ ra kém hiệu quả, thậm chí là không có hiệu lực nhưng lại chưa có cơ chế khác đế bổ sung, hỗ trợ.
+ Khi xảy ra tình trạng mất ổn định và xuất hiện các điểm nóng về tham nhũng cán bộ đảng viên không quy tụ được, thiếu trách nhiệm với dân, thiếu sự liên kết và phối hợp, để kẻ xấu lợi dụng, thao túng, kích động và dẫn tới những hành động rối loạn, làm suy giảm sức chiến đấu và vai trò lãnh đạo của Đảng, hiệu lực quản lý của chính quyền. Các đoàn thể vốn đã mang tính hình thức và yếu kém, trong những tình huống đó đã gần như bị tê liệt, vô hiệu hoá.