Một vấn đề khác được đề cập tới trong thông báo về nuôi cấy tế bào
Catharanthus là tính không ổn định của các dòng tế bào đối với việc tạo sản phẩm thứ cấp. Một vài dòng mất khả năng tạo alkaloid ngay cả khi tiến hành bảo quản chúng. Vì thế, hiện tượng giảm năng suất không thể hoàn toàn loại trừ được. Khó khăn ngày càng trở nên lớn hơn khi đưa qui mô sản xuất lên dạng công nghiệp . Như vậy trước hết là phải tiến hành chọn lọc những dòng tế bào tỏ ra tương đối ổn định và tiến hành nghiên cứu cơ chế và nguyên nhân dẫn đến tính bất ổn định.
Hiện nay, người ta cần tuân theo qui trình được ứng dụng trong ngành vi sinh vật học nhằm thu được những dòng tế bào có năng suất ổn định trong tất cả các giai đoạn nuôi cấy đồng thời để tránh mất hoàn toàn những dòng sản xuất này . Một số nghiên cứu cho thấy có những dòng tế bào chuyên tạo ra sắc tố có tính ổn định đặc biệt là những điều rất quan trọng trong vấn đề năng suất . Thế nhưng, xét về nghiên cứu di truyền cho đến nay thì chỉ mới có một công trình duy nhất phân tích số lượng nhiễm sắc thể của dòng tế bào tạo nhiều caroten và dòng không tạo caroten của cây Daucus carota và tác giả không tìm thấy sự sai khác giữa hai dòng này. Sự ổn định năng suất ở đây có thể do quá trình cấy chuyển, người ta chỉ cấy chuyển những khối callus có màu sắc đậm nhất, mặc dù việc làm đó hoàn toàn vô ý thức.
Ngoài ra, người ta sẽ còn phát triển kỹ thuật bảo quản đông lạnh đạt tới trình độ cho phép tránh hoàn toàn sự xuất hiện những thay đổi do chính kỹ thuật đông lạnh gây ra. Phương pháp bảo quản bằng cách giảm phân chia tế bào trong nuôi cấy ở nhiệt độ 0oC là phương pháp có hiệu quả.
Việc tái thiết được năng suất của dò ng tế bào Catharanthus nêu ở trên có thể được giải thích bằng hiện tượng tái biến song toàn bộ vấn đề mất đi và tái thiết năng suất sẽ được giải thích nếu những dòng tế bào được nghiên cứu là dòng epigenetic chứ không phải là những dòng genetic . Sự thật rằng tế bào thực vật nuôi cấy mang nhiều đặc điểm không di truyền đã được biết khá kỹ . Chỉ có một số ít trường hợp người ta chứng minh được rằng những thay đổi của dòng tế bào là do những đột biến cụ thể trong genome và plastome hoặc người ta chứng minh được có những sản phẩm gen thay đổi, ví dụ như enzyme thay đổi được tạo ra. Như vậy, việc sử dụng những dòng tế
bào epigenetic hoặc không di truyền làm p hức tạp hóa mục tiêu sản xuất các hợp chất thứ cấp bằng nuôi cấy tế bào.
Thật không may mắn vì rất khó chọn được dòng tế bào không mang những thay đổi không di truyền vì rằng muốn chứng minh điều đó phải tái sinh cây hoàn chỉnh từ những dòng tế bào này và sau đó tiến hành kiểm tra nuôi cấy mô từ hạt hoặc cây thu được từ những cây hoàn chỉnh đó.