Như đã trình bày ở chương 1, quy định về phân loại hồ sơ thanh khoản thuộc đối tượng áp dụng kiểm tra hồ sơ trước, thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế sau như hiện nay là quá nhiều, điều này không phù hợp chủ trương cải cách thủ tục hành chính của Chính phủ. Trong thực tế nhiều mặt hàng có thuế suất thuế NK 0%, không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT (kể cả khi nhập kinh doanh như các mặt hàng nông sản chưa qua chế biến) nhưng thuộc đối tượng phải kiểm dịch, kiểm tra chất lượng do đó khi thanh khoản theo quy định hiện nay thì hồ sơ phải phân loại vào đối tượng kiểm tra trước.
Mặt khác, qua kết quả khảo sát cho thấy nhiều DN cho rằng quy định như hiện nay là quá chặt chẽ hoặc là quy định này đã gây khó khăn cho DN. Để công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động sản xuất XK vừa đảm bảo được yêu cầu tạo thông thoáng nhưng vẫn chặt chẽ, tác giả kiến nghị Bộ tài chính nên sửa đổi lại quy định này theo hướng.
- Quy định về phân loại hồ sơ thanh khoản phải được chi tiết cho từng đối tượng hoàn thuế, không thu thuế khác nhau, không thể quy định chung cho tất cả các đối tượng như hiện nay.
- Phân loại hồ sơ thanh khoản nguyên vật liệu nhập sản xuất thuộc đối tượng kiểm tra trước nên tập trung vào các DN đề nghị hoàn thuế lần đầu; DN trong thời hạn 02 năm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế; DN đang trong thời gian làm thủ tục sát nhập, chia tách, giải thể,... (tập trung vào đối tượng DN có nhân thân không tốt). Quy định nên tập trung vào đối tượng DN là chính, không nên áp đặt nặng đối tượng hàng hóa, quy định cần phải tạo điều kiện thuận lợi cho các DN chấp hành tốt pháp luật.
- Đối với các DN qua thời gian thẩm định xác định thuộc đối tượng chấp hành tốt pháp luật hải quan chỉ nên áp dụng phân loại hồ sơ thanh khoản trước, kiểm tra sau.