Sau khi thống nhất đất nước, Chính Phủ lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam quyết định thành lập Cục Hải quan thuộc Nha Ngoại thương. Lúc đó, Chi cục Hải quan Đồng Nai đóng tại thị xã Vũng Tàu được thành lập năm 1978 trực thuộc Cục Hải quan do đồng chí Vũ Như Khuê làm Chi cục trưởng có nhiệm vụ giám sát các tàu vào
thăm dò dầu khí. Đội ngũ cán bộ bao gồm 10 đồng chí là cán bộ khung được điều động về công tác từ các Chi cục Hải quan Hải Phòng, Hà Nội và trường trung cấp Ngoại thương. Ngày 04/12/1979, Chi cục Hải quan Đồng Nai đổi tên thành Chi cục Hải quan Đặc khu Vũng Tàu Côn Đảo do đồng chí Vũ Như Khuê làm Chi cục trưởng, quân số vào thời điểm này khoảng 45 đồng chí chủ yếu là con em cách mạng và các ngành khác chuyển qua, được đào tạo tại chỗ phục vụ cho công tác làm thủ tục tàu thuyền quá cảnh đi Campuchia và tàu thăm dò dầu khí tại thềm lục địa phía Nam.
Ngày 30/8/1984, Hội đồng Nhà nước ra Nghị quyết 547/HĐBT phê chuẩn việc thành lập Tổng cục Hải quan trực thuộc Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính Phủ). Khi đó hệ thống Hải quan trong cả nước bao gồm: Tổng cục Hải quan, Hải quan Tỉnh/ Thành phố, Hải quan Đặc khu trực thuộc Trung ương.
Lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh BR-VT qua các thời kỳ.
- Từ năm 1978 đến 1988: Đ/c Vũ Như Khuê - Chi cục trưởng;
- Từ năm 1988 đến 1989: Đ/c Nguyễn Văn Cầm - Phái viên của Tổng cục Hải quan làm Chi cục trưởng;
- Từ năm 1989 đến 1993: Đ/c Phạm Văn Vi - Giám đốc Hải quan Đặc khu Vũng Tàu Côn Đảo;
- Từ năm 1994: Đặc khu Vũng Tàu Côn Đảo được tách ra khỏi tỉnh Đồng Nai thành tỉnh BR-VT. Lúc này, hình thành hệ thống Hải quan cấp tỉnh và Chi cục Hải quan Đặc khu Vũng tàu Côn Đảo đổi tên thành Cục Hải quan tỉnh BR-VT do Đ/c chí Nguyễn Văn Bốn làm Cục trưởng;
- Từ năm 1995 đến 2000: Đ/c Nguyễn Hữu Bát - Cục trưởng; - Từ năm 2000 đến 2004: Đ/c Cao Văn Môn - Cục trưởng;
- Từ năm 2004 đến tháng 03/2012: Đ/c Nguyễn Đức Nga - Cục trưởng; - Từ tháng 03/2012 đến nay: Đ/c Trần Văn Danh - Cục trưởng.
2.2.2. Chức năng, nhiệm vụ và mối quan hệ công tác 2.2.2.1. Chức năng nhiệm vụ