Như đã trình bày tại mục 1.1.2.1, hoạt động NK nguyên vât liệu và XK sản phẩm được thực hiện trên cơ sở 02 hợp đồng riêng biệt: Hợp đồng mua nguyên vật liệu và hợp đồng bán sản phẩm riêng biệt. Do đó, TTHQ áp dụng đối với việc làm thủ tục NK nguyên vật liệu và XK sản phẩm được thực hiện theo Quy trình TTHQ điện tử đối với hàng hóa XK, NK theo hợp đồng mua bán hàng hóa ban hành kèm theo Quyết định 3046/QĐ-TCHQ ngày 27/12/2012 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan. Quy trình được mô tả như Sơ đồ 1.1, gồm các bước cơ bản như sau.
Bước 1: Tiếp nhận, kiểm tra, đăng ký, phân luồng tờ khai: Hệ thống XLDLĐT hải quan tự động tiếp nhận, kiểm tra, cấp số đăng ký, phân luồng tờ khai do DN khai báo truyền tới.
a. Trường hợp thông tin khai của DN gửi đến chưa phù hợp (chuẩn dữ liệu, tỷ giá tính thuế, thuế suất, ...), hệ thống XLDLĐT hải quan sẽ tự động phản hồi DN “Thông báo từ chối tờ khai HQĐT” trong đó hướng dẫn DN những nội dung cần điều chỉnh, bổ sung hoặc từ chối đăng ký và nêu rõ lý do.
b. Trường hợp thông tin khai của DN phù hợp, hệ thống XLDLĐT hải quan sẽ tự động phản hồi “Thông báo hướng dẫn làm TTHQ điện tử” cho DN trong đó bao gồm số tờ khai, các chỉ dẫn và kết quả phân luồng tờ khai theo một trong các mức dưới đây.
b.1. Chấp nhận hoặc chấp nhận có điều kiện thông tin khai của DN, hệ thống XLDLĐT hải quan sẽ xác định cụ thể các nội dung sau (nếu có).
b.1.1. Hàng hóa được chấp nhận thông quan ngay (luồng xanh).
b.1.2. Hàng hóa được chấp thông quan với điều kiện phải xuất trình và/hoặc nộp các chứng từ, tài liệu cụ thể (luồng xanh có điều kiện).
b.1.3. Hàng hóa thuộc diện được giải phóng hàng và các điều kiện cụ thể kèm theo (luồng xanh có điều kiện).
b.1.4. Hàng hóa được đưa về bảo quản và các điều kiện cụ thể kèm theo (luồng xanh có điều kiện).
b.1.5. Hàng hóa thuộc diện phải lấy mẫu.
b.1.6. Hàng hóa thuộc diện được chuyển cửa khẩu (luồng xanh có điều kiện). b.2. Kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan điện tử: Hệ thống XLDLĐT hải quan cảnh báo và hướng dẫn các nội dung cần thiết kiểm tra đối với hồ sơ hải quan điện tử (luồng vàng).
b.3. Kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan điện tử và kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc lấy mẫu hàng hóa XK, NK (luồng đỏ): Hệ thống XLDLĐT hải quan cảnh báo và hướng dẫn các nội dung cần tập trung kiểm tra đối với hồ sơ hải quan điện tử; hệ thống XLDLĐT hải quan chỉ định cụ thể mức độ kiểm tra thực tế hàng hóa; hệ thống XLDLĐT hải quan chỉ định cụ thể phương thức thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa.
c. Đối với trường hợp nêu tại điểm b.1.1, hệ thống XLDLĐT hải quan chuyển TKĐT sang Bước 5 của Quy trình; trường hợp nêu tại điểm b.1.2, b.1.3, b.1.4, b.1.6, hệ thống XLDLĐT hải quan chuyển TKĐT sang Bước 4 của Quy trình; trường hợp nêu tại điểm b.1.5, hệ thống XLDLĐT chuyển TKĐT sang Bước 3 của Quy trình.
d. Đối với các trường hợp nêu tại điểm b.2, b.3, hệ thống XLDLĐT hải quan chuyển TKĐT sang Bước 2 của Quy trình.
Bước 2. Kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan do công chức Hải quan thực hiện. a. Đề xuất xử lý việc khai bổ sung khi DN có yêu cầu trước thời điểm kiểm tra thực tế hàng hóa.
b. Kiểm tra hồ sơ hải quan theo quy định và chỉ dẫn, cảnh báo của hệ thống XLDLĐT hải quan.
c. Xác nhận kết quả kiểm tra hồ sơ theo các tiêu chí và cập nhật đầy đủ vào hệ thống XLDLĐT hải quan.
d. Xử lý kết quả kiểm tra.
e. Xác nhận “Thông quan”, “Giải phóng hàng”, “Đưa hàng về bảo quản” vào hệ thống XLDLĐT hải quan.
f. Chuyển hồ sơ sang Bước 3 đối tờ khai luồng đỏ.
Bước 3. Kiểm tra thực tế hàng hóa do công chức Hải quan thực hiện.
a. Kiểm tra thực tế theo hình thức mức độ do Chi cục trưởng quyết định (kiểm tra xác suất tỷ lệ 5%, 10% hoặc kiểm tra toàn bộ lô hàng.
b. Xử lý kết quả kiểm tra. c. Thực hiện lấy mẫu (nếu có).
d. Cập nhật đầy đủ kết quả kiểm tra thực tế vào hệ thống XLDLĐT hải quan. e. Xác nhận “Thông quan”, “Giải phóng hàng”, “Đưa hàng về bảo quản” vào hệ thống XLDLĐT hải quan theo quy định.
f. Chuyển hồ sơ quay lại Bước 2 (nếu kết quả kiểm tra không đúng để xác định lại giá, tính lại thuế).
Bước 4. Quản lý, hoàn chỉnh hồ sơ, xác nhận đã thông quan; giải phóng hàng; đưa hàng về bảo quản; hàng chuyển cửa khẩu, trao đổi thông tin với Chi cục Hải quan cửa khẩu do công chức Hải quan thực hiện.
a. Thu thuế và thu lệ phí hải quan theo quy định.
b. Xác nhận một trong các quyết định “Thông quan”, “Giải phóng hàng”, “Đưa hàng về bảo quản”, “hàng chuyển cửa khẩu” vào hệ thống XLDLĐT hải quan.
c. Quản lý, hoàn chỉnh hồ sơ.
Chuyển hồ sơ sang Bước 5 của Quy trình, đối với hồ sơ còn nợ chứng từ hoặc chưa làm xong TTHQ thì lãnh đạo Chi cục tổ chức theo dõi, đôn đốc và xử lý theo quy định, khi hoàn tất mới chuyển sang Bước 5.
Bước 5. Phúc tập hồ sơ do công chức Hải quan thực hiện.
- Thực hiện theo Quy trình phúc tập hồ sơ hàng hóa XK, NK do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành.
- Việc kiểm tra phúc tập những hồ sơ do hệ thống XLDLĐT hải quan lựa chọn và cảnh báo phải được thực hiện ngay trong ngày đăng ký tờ khai; những trường hợp còn lại phải được ưu tiên phúc tập trong thời gian sớm nhất.
Tùy từng trường hợp cụ thể, hàng hóa có thể phải qua tất cả các bước của Quy trình nhưng cũng có những trường hợp chỉ phải qua một số bước, cụ thể.
- Đối với tờ khai luồng xanh (miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa) chỉ trải qua một phần của Bước 1, Bước 4 và Bước 5.
- Đối với tờ khai luồng vàng (kiểm tra chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa) trải qua Bước 1, Bước 2, Bước 4 và Bước 5.
- Đối với tờ khai luồng đỏ (kiểm tra chi tiết hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa) phải trải qua đủ cả 5 bước của Quy trình.
Hiện nay, cơ quan Hải quan đã áp dụng QLRR trong việc thực hiện TTHQ, do đó việc quyết định hình thức, mức độ kiểm tra (luồng xanh, luồng vàng hay luồng đỏ) là do Hệ thống QLRR quyết định. Việc chuyển luồng của Chi cục trưởng được thực
hiện khi có thông tin về dấu hiệu vi phạm pháp luật và theo nguyên tắc từ tỷ lệ kiểm tra thấp đến tỷ lệ kiểm tra cao (luồng xanh sang vàng, luồng vàng sang đỏ).
Quy trình cụ thể theo sơ đồ 1.1 dưới đây.
Sơ đồ 1.1. Quy trình TTHQ điện tử đối với hàng hóa XK, NK theo hợp đồng mua bán hàng hóa.
(Nguồn: Cục Công nghệ thông tin và thống kê hải quan, Tổng cục Hải quan)
1.3.3. Các biện pháp kiểm soát việc thực hiện chính sách đối với hoạt động NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng XK