Trong quá trình làm thủ tục NK, DN chịu trách nhiệm kê khai tính thuế nguyên vật liệu NK để sản xuất hàng XK giống như phương pháp tính thuế đối với hàng hóa NK thông thường, cụ thể.
Số thuế NK phải nộp =
Số lượng từng mặt hàng thực tế NK ghi trong tờ khai hải quan
X Trị giá tính thuế trên một đơn vị hàng hóa X Thuế suất của từng mặt hàng Trong đó:
- Trị giá tính thuế là giá thực tế phải trả tính đến cửa khẩu nhập đầu tiên và được xác định bằng cách áp dụng tuần tự sáu phương pháp xác định trị giá tính thuế theo quy định tại Thông tư 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010 của Bộ Tài chính và dừng ngay ở phương pháp xác định được trị giá tính thuế.
- Thuế suất của từng mặt hànglà thuế suất đối với hàng hóa NK được quy định cụ thể cho từng mặt hàng gồm thuế suất ưu đãi, thuế suất ưu đãi đãi đặc biệt và thuế suất thông thường, thuế suất thông thường bằng 150% thuế suất ưu đãi.
b. Tổ chức thực hiện.
- DN tự kê khai, tính thuế trên tờ khai NK nguyên vật liệu gửi thông tin khai báo thuế đồng thời cùng lúc với gửi thông tin khai báo nguyên vật liệu NK.
- Hệ thống TQĐT của cơ quan Hải quan tự động cập nhật số tiền thuế DN khai báo vào chương trình quản lý thuế của cơ quan Hải quan trên máy tính (Chương trình KT559). Nếu DN có nợ thuế quá hạn, thông tin về nợ thuế sẽ được Chương trình KT559 chuyển tới Hệ thống QLRR của ngành Hải quan để đưa ra cảnh báo đối với công chức Hải quan khi làm thủ tục NK, XK hàng hóa trên hệ thống TQĐT.
- Cơ quan Hải quan tổ chức theo dõi nợ thuế của DN đối với số thuế được ân hạn, trong đó cấp Chi cục là đơn vị trực tiếp theo dõi, quản lý, cấp Cục Hải quan/ Tổng cục Hải quan có trách nhiệm kiểm tra giám sát.