Trong bối cảnh toàn cầu hóa nền kinh tế thế giới, sự tăng trưởng mạnh mẽ của thương mại quốc tế và xu hướng tự do hóa thương mại, việc quản lý nhà nước về hải quan giữ một vai trò đặc biệt quan trọng, một mặt phải đảm bảo tạo thuận lợi cho thương mại hợp pháp hoạt động, thúc đẩy sản xuất trong nước và thu hút đầu tư nước ngoài, góp phần tăng khả năng cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam trên thị trường quốc tế; mặt khác phải đảm bảo nguồn thu ngân sách, chống buôn lậu và gian lận thương mại hiệu quả cũng như các nguy cơ ảnh hưởng đến an ninh quốc gia và an toàn xã hội. Điều này được thể hiện qua những nội dung cụ thể như sau.
- Tạo môi trường thương mại và đầu tư lành mạnh, bình đẳng nhằm thúc đẩy hoạt động sản xuất trong nước và thu hút đầu tư nước ngoài: Thực hiện cải cách hành chính, đơn giản hóa TTHQ, giảm thiểu sự can thiệp không cần thiết vào các hoạt động thương mại hợp pháp, cơ quan Hải quan đã tác động đến việc giảm chi phí cho các DN, qua đó thúc đẩy sự tăng trưởng của nền kinh tế, tạo môi trường đầu tư thuận lợi thu hút vốn đầu tư nước ngoài, về lâu dài sẽ tạo ra nguồn thu cho ngân sách thông qua các khoản thuế nội địa.
- Thông qua chính sách thuế từng thời kỳ, tổ chức thực hiện thu thuế XK, NK nhằm tạo nguồn thu cho ngân sách Nhà nước đồng thời thực hiện chính sách quản lý vĩ mô nền kinh tế: Với tiến trình hội nhập kinh tế thế giới, vai trò của thuế quan đối với nguồn thu ngân sách ngày càng giảm, nhưng đối với các nước đang phát triển như Việt Nam thì thuế XK, NK đặc biệt là thuế NK vẫn là nguồn thu quan trọng cho ngân sách quốc gia. Thuế hải quan còn có vai trò điều tiết cơ chế XNK nhằm hạn chế hoặc khuyến khích việc XK, NK đối với từng loại hàng hóa trong những giai đoạn nhất định bằng việc nâng cao hoặc hạ thấp thuế suất đánh vào hàng hóa đó khi X K , N K . Tuy nhiên trong tiến trình hội nhập, thực hiện các cam kết quốc tế về thương mại, xu hướng thuế NK ngày càng giảm do vậy, một trong những mục tiêu hàng đầu của cơ quan Hải quan là đảm bảo thu đủ thuế hải quan.
- Góp phần bảo vệ trật tự, an toàn xã hội và an ninh quốc gia: Trong môi trường thế giới có nhiều biến động với sự phát triển của chủ nghĩa khủng bố, tội phạm xuyên quốc gia, âm mưu diễn biến hòa bình, hoạt động rửa tiền, buôn bán vũ khí và các chất ma túy,…vv thì một trong những nhiệm vụ hàng đầu của cơ quan Hải quan là đảm bảo an toàn xã hội và an ninh quốc gia, kiểm soát một cách có hiệu quả việc vận chuyển trái phép qua biên giới các loại hàng hoá nguy hiểm và không an toàn đối với xã hội như các chất gây nghiện, heroin, cổ vật, văn hóa phẩm đồi trụy, …vv.
- Góp phần điều tiết, kiểm soát hoạt động ngoại thương nhằm bảo hộ nền sản xuất trong nước: Thông qua quy trình TTHQ, cơ quan Hải quan góp phần ngăn chặn
hàng hóa không khuyến khích NK, hàng nhập lậu từ nước ngoài vào, từ đó góp phần bảo hộ sản xuất hàng hóa trong nước. Trong xu hướng hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay, việc kiểm soát hàng hóa được thực hiện từ lúc XK, vận chuyển cho đến lúc NK chứ không chỉ tập trung vào thời điểm NK như trước đây, vì vậy việc bảo đảm an ninh cho hàng hóa Việt Nam XK vào các thị trường của thế giới là vô cùng quan trọng và là yêu cầu đối với cơ quan Hải quan.
- Bảo đảm thu thập số liệu thống kê thương mại chính xác và kịp thời: Việc thu thập thống kê thương mại chính xác và kịp thời sẽ góp phần tích cực cho Đảng, Nhà nước và Chính phủ hoạch định chính sách và giải pháp phát triển kinh tế, xã hội của đất nước qua từng thời kỳ.