Trên cơ sở các quy định của Pháp luật, cơ quan Hải quan là cơ quan chức năng tổ chức thực hiện các chính sách quản lý đối với hoạt động NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng XK, cụ thể.
- Tổng cục Hải quan là cơ quan trực thuộc Bộ Tài chính có chức năng tổ chức thực hiện chính sách quản lý hoạt động NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng XK trên phạm vi toàn quốc. Để việc thực hiện TTHQ đối với hoạt động NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng XK được thống nhất giữa các Cục Hải quan địa phương trên toàn quốc, Tổng cục Hải quan đã ban hành quy trình hướng dẫn thực hiện, trong đó quy định rõ các bước trong quá trình làm TTHQ đối với nguyên vật liệu NK để sản xuất hàng XK, bắt đầu từ khâu NK nguyên vật liệu, theo dõi quản lý, XK sản phẩm đến khâu thanh khoản nguyên vật liệu đã được sử dụng vào sản xuất sản phẩm và đã thực XK.
- Cục Hải quan Tỉnh/ Thành phố là đơn vị chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Tổng cục Hải quan trong công tác chuyên môn nghiệp vụ, chịu trách nhiệm tổ chức, triển khai thực hiện các quy định của Nhà nước điều chỉnh hoạt động NK nguyên vât liệu để sản xuất hàng XK trên địa bàn Tỉnh/ Thành phố, nhiệm vụ cụ thể.
+ Tổ chức thực hiện TTHQ đúng quy định của pháp luật, thống nhất về cách thức thực hiện giữa các Chi cục Hải quan thuộc Cục.
+ Là đơn vị trực tiếp báo cáo với Tổng cục Hải quan/ Bộ Tài chính các vướng mắc phát sinh, kiến nghị cơ quan có thẩm quyền bổ sung, sửa đối các quy định sao cho thuận lợi, chặt chẽ và phù hợp với thực tế.
+ Căn cứ vào thẩm quyền, chức năng, quy định của Pháp luật để đề ra các biện pháp kiểm tra, kiểm soát hoạt động NK nguyên vât liệu để sản xuất hàng XK phát sinh trên địa bàn quản lý nhằm hạn chế sai sót, chống thất thu thuế cho Nhà nước.
+ Trực tiếp thực hiện một số nghiệp vụ liên quan đến TTHQ đối với hoạt động NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng XK như: Thủ tục gia hạn thời gian ân hạn dài hơn 275 ngày, thủ tục kiểm tra điều kiện kho bãi của DN có đáp ứng được yêu cầu giám sát của cơ quan Hải quan hay không, ...vv.
- Các Chi cục Hải quan thuộc Cục Hải quan Tỉnh/ Thành phố là đơn vị chức năng trực tiếp xử lý các nghiệp vụ như: Làm TTHQ hải quan NK nguyên vật liệu, XK sản phẩm; tổ chức theo dõi nợ thuế, theo dõi nguyên vật liệu tồn; thực hiện thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, ...vv.