Công tác tổ chức thực hiện quản lý thuế đối với DN CBTS được xây dựng trên cơ sở xây dựng bộ máy quản lý thuế các DN nói chung. Tùy thuộc vào điều kiện phát triển kinh tế - xã hội của từng nước, bộ máy quản lý thuế cũng được xây dựng một cách tương ứng. Nhìn tổng thể trong phạm vi nền kinh tế quốc dân, CQT ở các nước trên thế giới đều được tổ chức thành một hệ thống bao gồm nhiều cấp: CQT trung ương, CQT cấp tỉnh, thành phố và CQT cấp quận, huyện. Ở từng cấp, bộ máy CQT có thể được tổ chức theo các mô hình sau: Mô hình tổ chức theo sắc thuế, mô hình tổ chức theo chức năng, mô hình tổ chức theo đối tượng nộp thuế.
Quản lý thuế đối với DN CBTS là mô hình tổ chức hỗn hợp, kết hợp cả quản lý theo sắc thuế (thuế TNCN, GTGT, TNDN, TN, TTĐB, thuế môn bài...), quản lý theo đối tượng nộp thuế (DN Nhà nước, ĐTNN, NQD) và quản lý theo chức năng (TTHT, kê khai thuế, thanh tra kiểm tra thuế, quản lý nợ). Một đối tượng có thể nộp nhiều loại thuế khác nhau nhưng hầu hết sẽ chỉ chịu sự quản lý của một CQT. Đặc thù của DN hoạt động trong lĩnh vực CBTS là sản phẩm chủ yếu để xuất khẩu, có liên quan đến công tác hoàn thuế nên đa phần sẽ do CQT cấp tỉnh quản lý. Do vậy bộ máy quản lý thuế phải là đội ngũ cán bộ thuế chuyên trách được đào tạo chuyên sâu trong công tác quản lý thu thuế. Đội ngũ này được tổ chức một cách thống nhất, đồng bộ và có khoa học bao gồm các phòng:
- Phòng Tổng hợp - Nghiệp vụ - Dự toán: Tham mưu cho lãnh đạo Cục Thuế chỉ đạo, hướng dẫn nghiệp vụ quản lý thuế, chính sách, pháp luật thuế; xây dựng và thực hiện dự toán thu NSNN đối với từng loại hình DN, từng lĩnh vực hoạt động, trong đó có kế hoạch thu thuế đối với DN CBTS.
- Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ NNT: Tổ chức thực hiện công tác tuyên truyền về chính sách, pháp luật thuế, hỗ trợ NNT, giải đáp các vướng mắc trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.
- Phòng Kê khai kế toán thuế: Thực hiện công tác đăng ký thuế, xử lý hồ sơ khai thuế, kế toán thuế, thống kê thuế, hoàn thuế.
- Phòng Kiểm tra thuế: Kiểm tra việc kê khai thuế, khấu trừ thuế, nộp thuế, quyết toán thuế, hoàn thuế của DN, trong đó có DN CBTS; chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu theo kế hoạch Cục Thuế giao.
- Phòng Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế: Tổ chức thực hiện công tác quản lý nợ thuế, đôn đốc thu tiền thuế nợ và cưỡng chế thu tiền thuế nợ, tiền phạt.
- Phòng Thanh tra thuế: Triển khai thực hiện công tác thanh tra NNT trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến NNT.