- Lợi dụng đặc thù riêng về phế liệu trong lĩnh vực CBTS, nhiều DN đã thực hiện nhiều hình thức gian lận về thuế liên quan đến phế liệu (gian lận về số lượng, giá bán, thành phần...) nhằm tăng lợi nhuận, tránh thuế gây thất thu cho Nhà nước.
- Ảnh hưởng cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu, lạm phát tăng cao, thị trường giảm sút, nhiều DN phải thắt chặt quy mô sản xuất kinh doanh, thua lỗ nhiều, nên để tồn tại nhiều DN đã lựa chọn con đường trốn thuế, lợi dụng khủng hoảng kinh tế gian lận thuế thông qua nhiều hành vi vi phạm pháp luật về thuế.
- Một số quy định về thuế GTGT theo các văn bản chính sách mới gây khó khăn cho DN trong việc thực hiện, chủ yếu liên quan đến đối tượng không chịu thuế GTGT, trường hợp không phải kê khai nộp thuế GTGT, thủ tục hoàn thuế phải kèm báo cáo tồn kho...
- Lợi dụng những kẻ hở của chính sách pháp luật, nhiều cá nhân tổ chức đã tiến hành kinh doanh hóa đơn bất hợp pháp, mua bán hóa đơn giả, sai phạm trong hóa đơn chứng từ, lập sổ sách không trung thực, kê khai sai thuế nhằm giảm số thuế phải nộp, gây thất thoát cho NSNN.
- Hệ thống chính sách thuế hiện nay còn nhiều bất cập, phức tạp và chồng chéo nhau. Do tình hình kinh tế thế giới và trong nước luôn biến động, Nhà nước thường xuyên điều tiết nền kinh tế vĩ mô, trong đó công cụ quan trọng và hữu hiệu nhất vẫn là thuế. Nên những tác động lớn hay nhỏ của nền kinh tế đều ảnh hưởng đến chính sách thuế. Nhiều văn bản ra đời nội dung chồng chéo nhau, cùng một nội dung
nhưng mỗi văn bản quy định khác nhau dẫn đến gây khó khăn cho DN trong vấn đề thực hiện, và khó cả cho CQT trong công tác quản lý, theo dõi, đôn đốc.
- Bên cạnh các DN có ý thức tự giác chấp hành chính sách, thường xuyên theo dõi cập nhật chính sách chế độ thì nhiều DN hay có tư tưởng chủ quan ỷ y có CQT hỗ trợ tư vấn về chính sách, chỉ chú trọng đến kinh doanh mà chưa quan tâm đến việc tìm hiểu và thực hiện theo đúng chính sách, pháp luật; mặc dù CQT đã tổ chức nhiều đợt phổ biến, hướng dẫn thực hiện chính sách thuế nhưng DN không quan tâm tham dự nên vẫn còn nhiều trường hợp vi phạm do không hiểu biết chính sách, dẫn đến mắc nhiều sai sót trong việc kê khai thuế, né tránh việc thực hiện nghĩa vụ thuế, cố tình dây dưa, chiến dụng tiền thuế.
- Do khó khăn về tình hình tài chính, dẫn đến một số DN phát sinh số thuế lớn nhưng chưa nộp kịp thời,... Hơn nữa, điều kiện để được vay vốn ngân hàng DN không đáp ứng được, nên có nhiều DN chấp nhận nợ thuế, chiếm dụng để phục vụ mục đích của DN, CQT triển khai áp dụng các biện pháp cưỡng chế nợ thuế, thì các DN này chỉ chấp hành nộp số nợ thuế quá 90 ngày, dẫn đến tình hình nợ thuế tăng cao.