- Chính sách pháp luật về thuế thường xuyên thay đổi cho phù hợp với điều tiết vĩ mô của Nhà nước, đáp ứng nhu cầu thực tiễn nên gây khó khăn cho CQT trong công tác triển khai tuyên truyền đến NNT. Nhiều văn bản mới ban hành cả công chức thuế và NNT chưa kịp tìm hiểu thì đã sửa đổi bổ sung dẫn đến khó áp dụng vào thực tế. Hơn nữa, nhiều thông tư nghị định ban hành cùng một nội dung nhưng lại hướng dẫn khác nhau, cách hiểu khác nhau nên việc áp dụng sai là điều không thể tránh khỏi.
- Chính sách thuế chưa bao quát hết mọi nguồn thu trong nền kinh tế, chưa khuyến khích và bảo hộ có chọn lọc, có thời hạn sản xuất trong nước; chưa thực sự đảm bảo công bằng về nghĩa vụ thuế; vẫn còn nhiều phức tạp. Một số sắc thuế còn nhiều mức thuế suất, lồng ghép nhiều chính sách xã hội, nhiều mức miễn, giảm thuế làm hạn chế tính trung lập của thuế.
- Quy trình thanh tra kiểm tra và quy trình hoàn thuế hiện nay bị cắt giảm thời gian so với trước, trong khi chỉ tiêu thanh tra kiểm tra do Tổng cục Thuế giao lại tăng nên các cuộc thanh tra kiểm tra còn mang tính số lượng, chất lượng chưa cao, do đó công chức thuế không có nhiều thời gian để kiểm tra đối chiếu sổ sách chứng từ của các DN so với thực tế. Mặt khác quy trình cũng chưa phù hợp với các chuẩn mực quản lý thuế trên khu vực và thế giới gây trở ngại trong tổ chức thực hiện. Việc lập kế hoạch kiểm tra hàng năm chủ yếu dựa vào tình hình chấp hành pháp luật thuế, việc áp dụng kỹ thuật phân tích các tỷ suất rủi ro chưa thật sự hiệu quả làm cho phân tán nhân lực trong quản lý toàn bộ đối tượng nộp thuế.
- Nguyên nhân chủ yếu nợ đọng thuế: nhận thức về trách nhiệm và nghĩa vụ nộp thuế của một số NNT chưa cao, chưa tự giác. Công tác tuyên truyền, phê phán chưa thường xuyên nên tạo sự không bình đẳng giữa NNT tốt và NNT chây ỳ nợ đọng thuế. Mạng công nghệ thông tin cập nhật dữ liệu của NNT chưa kịp thời. NNT nộp sai mục lục ngân sách, sai mã số thuế còn nhiều diễn ra thường xuyên liên tục. Số bộ phận
không nhỏ còn chây ỳ, dây dưa, chiếm dụng tiền thuế; có khi còn suy tính do tỷ lệ phạt chậm nộp thuế trên ngày thấp (0,05% ngày); có giai đoạn thấp hơn lãi suất vay ngân hàng. Hơn nữa, những năm gần đây kinh tế thế giới suy thoái, khủng hoảng tài chính toàn cầu nên tình hình trong nước diễn biến phức tạp, Nhà nước áp dụng các chính sách kìm chế lạm phát, thắt chặt tín dụng và quản lý chi tiêu công nên dẫn đến NNT gặp nhiều khó khăn về huy động vốn, không có tiền trả nợ thuế. Các DN xuất khẩu cũng không được đối tác thanh toán kịp thời nên không có nguồn thanh toán nợ. Có những đơn vị dựa vào các chính sách hỗ trợ của Chính phủ, khi hết thời hạn được gia hạn nhưng vẫn không việc thực hiện kê khai nộp thuế, ngân hàng hạn chế cho vay... là những nguyên nhân nợ đọng thuế.
- Các ứng dụng tin học trong việc kê khai thuế thường đi chậm so với chính sách hoặc sau khi chuyển đổi, nâng cấp thường hay bị lỗi nên gây khó khăn cho cả NNT và công chức thuế. Nhất là những ngày hết hạn nộp tờ khai, đường truyền kê khai thuế qua mạng thường xuyên bị nghẽn mạng nên các DN rất lo lắng không rõ tờ khai mình truyền cho CQT có thành công hay không. Một số DN phải lựa chọn phương pháp vừa kê khai thuế qua mạng vừa nộp tờ khai bằng giấy tại CQT để tránh trường hợp bị trễ hạn.
- Nhiều DN chưa hiểu hết được tầm quan trọng của việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước, mà chỉ nghĩ đơn giản đóng thuế cho Nhà nước là cắt giảm một phần lợi nhuận của mình nên tìm mọi cách để né thuế, trốn thuế và tiến hành các hành vi vi phạm pháp luật về thuế nhằm tối đa hóa lợi nhuận.
- Kinh tế thế giới và trong nước vẫn đang trong thời kỳ khủng hoảng, lạm phát tăng cao, hoạt động sản xuất kinh doanh của nhiều DN, đặc biệt là các DN CBTS bị ngưng trệ, nguyên liệu đầu vào khan hiếm, thị trường đầu ra khó khăn thủ tục hoàn thuế rườm rà phức tạp nên các DN chấp nhận nợ tiền thuế, tiền phạt, chiếm dụng tiền thuế để xoay vòng vốn bởi lãi suất ngân hàng cao hơn rất nhiều so với tỷ lệ tính phạt chậm nộp tiền thuế.
- CQT còn thiếu chức năng khởi tố, điều tra các vụ vi phạm pháp luật về thuế. Vì vậy, chưa phát huy được sức mạnh tổng hợp và tính chuyên nghiệp của hệ thống thuế trong việc điều tra, khởi tố các hành vi, thủ đoạn gian lận tiền thuế, chiếm
đoạt tiền hoàn thuế. Các công việc trên đều phải chuyển qua các cơ quan pháp luật thực hiện nên kết quả rất hạn chế do các cơ quan này không mang tính chuyên nghiệp, nên không thể điều tra nhanh, làm cho việc xử lý các trường hợp vi phạm về thuế không kịp thời, giảm hiệu quả quản lý và tác dụng giáo dục trong việc thực thi pháp luật thuế.