Nằm trong Chiến lược cải cách hệ thống thuế giai đoạn 2011-2020, dự án "Hiện đại hóa quy trình thu nộp Ngân sách nhà nước" giai đoạn 1 đã được đánh giá cao trong việc góp phần đơn giản hóa và cải cách triệt để thủ tục hành chính trong quy trình thu nộp, tạo điều kiện thuận lợi cho NNT thực hiện nghĩa vụ với NSNN. Các đơn vị liên quan đã giảm thiếu được tối đa thời gian nhập liệu do dữ liệu về NNT được các cơ quan liên quan kết xuất truyền sang. Khi thực hiện quy trình trao đổi số thu này, các cơ quan tài chính sử dụng chung nguồn dữ liệu, do đó, đã thống nhất được dữ liệu giữa các cơ quan, loại bỏ được tình trạng chênh lệch, sai sót về số thu trước đây. Qua đó, dự án đã giúp các cơ quan Tài chính, cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nắm được các số thu, số đã phân chia ngân sách… trên từng địa bàn để có biện pháp chỉ đạo điều hành thu kịp thời.
Khi triển khai giai đoạn 2 "Hiện đại hóa quy trình quản lý thu nộp thuế giữa cơ quan Thuế - Kho bạc Nhà nước - Hải quan - Tài chính”, hoàn thành việc chuyển đổi mô hình trao đổi thông tin và nâng cấp ứng dụng thu thuế trực tiếp từ mô hình phân tán lên tập trung tại Kho bạc và Tổng cục Thuế. Tức là, thay vì các Cục Thuế trực tiếp kết nối lên Trung tâm Trao đổi Trung ương thì sẽ kết nối với Tổng cục Thuế. Tổng cục Thuế sẽ kết nối với Trung tâm Trao đổi Trung ương thay cho toàn bộ 63 Cục Thuế.
Hiện nay, dự án đã hoàn thành việc triển khai diện rộng giai đoạn nâng cấp ứng dụng Trao đổi thông tin của 4 ngành đáp ứng nội dung truyền nhận bảng kê chứng từ điện tử có gắn chữ ký số thay thế quy trình truyền nhận bảng kê giấy theo yêu cầu của Bộ Tài chính. Việc quản lý tập trung tại cấp Tổng cục đã giúp cho việc lưu trữ,
khai thác dữ liệu bảng kê chứng từ điện tử gắn chữ ký số của Kho bạc được an toàn và toàn vẹn.
Để hoàn thiện công tác hiện đại hóa quản lý thu thuế, triển khai dịch vụ nộp thuế điện tử là một giải pháp mới trong công tác quản lý thu thuế hướng đến mục tiêu giảm thời gian và chi phí cho DN. Đây là dịch vụ công của CQT cho phép NNT nộp thuế vào NSNN trực tiếp trên cổng thông tin điện tử của CQT và được xác nhận kết quả giao dịch nộp thuế tức thời. Theo đó, NNT có thể thực hiện nộp thuế mọi lúc, mọi nơi kể cả ngày nghỉ, ngày lễ. Thông qua hình thức này, NNT sẽ giảm thời gian, chi phí thực hiện nghĩa vụ thuế, có thể theo dõi được tình hình nộp NSNN qua tài khoản và được sử dụng các dịch vụ gia tăng ưu đãi khác của ngân hàng. Đồng thời, dịch vụ này cũng giúp CQT kịp thời cập nhật thông tin về NNT, giảm thiểu việc điều chỉnh sai sót, tăng cường hiệu quả công tác quản lý thuế, xử lý thông tin thu nộp thuế nhanh chóng, chính xác, góp phần đa dạng hóa các kênh thu NSNN.