Luật quản lý thuế được Quốc hội khoá XI, kỳ họp thứ 10 thông qua ngày 29/11/2006 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2007. Trong thời gian triển khai thực hiện, công tác quản lý thuế đã có những chuyển biến tích cực, tuy nhiên thực tế áp dụng vẫn còn một số hạn chế:
- Quan hệ giữa CQT và NNT vẫn phát sinh nhiều vướng mắc. Lý do là việc tư vấn hỗ trợ và trả lời văn bản chính sách thuế vẫn do CQT thực hiện trên cơ sở chức năng nhiệm vụ và địa vị pháp lý của mình dẫn đến chưa thực sự khách quan. Bộ phận tư vấn hỗ trợ đối tượng nộp thuế luôn gắn liền với các bộ phận quản lý và thanh tra, kiểm tra, dẫn đến duy ý chí, không thể bảo vệ hết quyền lợi chính đáng và hợp pháp cho DN khi có những vấn đề bất đồng quan điểm xảy ra. NNT vẫn còn mất khá nhiều thời gian để kê khai và nộp thuế, hoàn thuế do thủ tục hành chính rườm rà phức tạp.
- Do chính sách, pháp luật thuế thường xuyên sửa đổi, bổ sung, nhiều nội dung chưa cụ thể và chưa phù hợp tình hình thực tế dẫn đến việc hướng dẫn NNT gặp nhiều khó khăn. Nhiều vấn đề nội dung vướng mắc về chính sách thuế Cục Thuế đã có
văn bản hỏi Tổng cục Thuế nhưng chưa được trả lời hoặc trả lời rất chậm gây khó khăn cho công tác hỗ trợ NNT.
- Sự thiếu ý thức tự giác chấp hành chính sách pháp luật, tư tưởng né tránh việc thực hiện nghĩa vụ thuế, không cập nhật chính sách chế độ của một số DN gây mất thời gian cho CQT trong việc hướng dẫn kê khai thuế, nộp thuế, nhất là các DN thường xuyên thay đổi nhân sự, CQT phải mất nhiều thời gian để hỗ trợ tư vấn đôn đốc nhắc nhở.
- Áp lực về chỉ tiêu thu ngân sách do Tổng cục Thuế giao cho Cục Thuế ngày càng nặng nề, ngoài chỉ tiêu thu ngân sách, ngành thuế còn phải thực hiện các chỉ tiêu khác như chỉ tiêu thanh tra kiểm tra, chỉ tiêu thu hồi nợ... Để hoàn thành nhiệm vụ chính trị được giao, CQT phải tăng cường công tác quản lý thu, tăng cường số lượng thanh tra kiểm tra dẫn đến chất lượng có phần hạn chế.
- Số lượng công chức thuộc biên chế có hạn, trong khi áp lực công việc ngày càng cao, số lượng DN phải quản lý tính theo đầu công chức mỗi năm mỗi tăng ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả quản lý, hiệu năng sản xuất của từng công chức thuế.
- Công tác khai thuế qua mạng còn hạn chế như đường truyền còn chậm và hay bị nghẽn mạng vào những ngày cao điểm nhưng không được thông báo kịp thời; Các phần mềm ứng dụng hỗ trợ khai thuế chưa được hoàn thiện còn mắc nhiều lỗi và chậm được điều chỉnh nâng cấp mỗi khi có chính sách mới gây khó khăn bất tiện cho NNT và cả công chức thuế.
- Về hoạt động tuyên truyền chính sách thuế, đối với hình thức tuyên truyền qua tờ bướm, thông báo niêm yết tại CQT, đa phần NNT ít quan tâm để ý bởi nội dung thể hiện nhiều thông tin nhưng hình thức trình bày lại không sinh động, ấn tượng, lôi cuốn. Do thiếu phân loại nhóm NNT và xác định nội dung, hình thức tuyên truyền cho các nhóm đối tượng nên thông tin cần phổ biến đến NNT thường chung chung, dàn trải. Các buổi đối thoại theo chuyên đề hoặc theo một nhóm đối tượng NNT cụ thể còn quá ít so với nhu cầu cần được đáp ứng của NNT.
- Về hoạt động hỗ trợ NNT, thiếu nhân sự lẫn phương tiện hỗ trợ là nguyên nhân khiến dịch vụ hỗ trợ về thuế cũng chưa hiệu quả. Phòng (Đội) Tuyên truyền hỗ trợ với máy vi tính, máy điện thoại phục vụ một lượng lớn NNT đến liên hệ trực tiếp
tại bàn hoặc qua điện thoại nhất là vào những ngày cao điểm nhận hồ sơ khai thuế (từ ngày 18 đến ngày 20 hàng tháng); đường truyền cũng thường chậm, trục trặc. Trách nhiệm pháp lý của cán bộ thuế về nội dung hướng dẫn, hỗ trợ NNT chưa được quy định cụ thể khiến một số đơn vị kinh doanh chưa tin tưởng vào hướng dẫn đó. Đội ngũ cán bộ hướng dẫn còn trẻ, thiếu kinh nghiệm thực tế, khả năng xử lý công việc chưa tốt.
- Hạn chế về tổ chức bộ máy quản lý thuế: Chức năng, nhiệm vụ của các bộ phận trong CQT tuy đã được kiện toàn một bước theo Quyết định số 504/QĐ-TCT ngày 29/03/2010 của Tổng cục Thuế quy định chức năng, nhiệm vụ của các đội thuộc Chi cục thuế nhưng thực trạng vẫn còn chồng chéo, chưa chuyên sâu, chuyên nghiệp. CQT chưa được giao điều tra, khởi tố các vụ vi phạm về thuế, chức năng cưỡng chế thu nợ thuế chưa được quy định rõ nên việc xác định và xử lý chưa kịp thời các gian lận lớn về thuế và xử lý nợ đọng gặp nhiều khó khăn.
- Hạn chế về công nghệ quản lý thuế: Việc quản lý thuế chưa dựa trên cơ sở thu thập thông tin, phân tích đánh giá theo các tiêu thức quản lý để phân loại, lựa chọn phương thức theo mức độ rủi ro phù hợp với đặc điểm, trình độ của từng loại đối tượng nộp thuế. Thông tin và dữ liệu trong chương trình quản lý thuế chưa bảo đảm phản ánh đúng, đủ và kịp thời nghĩa vụ nộp thuế của DN. Việc lưu giữ thông tin toàn ngành thuế đang được triển khai chưa phát huy hết tác dụng; việc phân tích xử lý thông tin và phân loại tình hình chấp hành pháp luật thuế của DN chưa có căn cứ định lượng, chủ yếu dựa vào kinh nghiệm và ước lượng định tính nên không thể hiện tính khoa học.
- Công tác thanh tra, kiểm tra xử lý các hành vi vi phạm về thuế của CQT chưa được đặt đúng tầm và chưa phù hợp. Bởi lẽ, thực trạng của Việt Nam hiện nay trình độ dân trí, nhận thức trách nhiệm pháp luật chưa cao; tình trạng gian lận về thuế còn khá phổ biến ở nhiều khoản thu, sắc thuế nhưng chưa được phát hiện, truy thu kịp thời cho NSNN. Do đó, vừa thất thu cho NSNN, vừa chưa thật sự bảo đảm công bằng xã hội và tính nghiêm minh về pháp luật thuế; các vụ án lớn về thuế, đặc biệt là các hành vi tội phạm chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT không được làm rõ và kịp thời thu hồi đầy đủ cho NSNN.
- Mức độ hài lòng của DN CBTS đối với CQT xét trên các lĩnh vực quản lý của ngành thuế Khánh Hòa chưa cao. Đa số DN đánh giá công tác quản lý của CQT trên các phương diện chỉ ở mức trung bình.