Mặc dù đã đạt được thành công đáng ghi nhận nhưng hoạt động giao nhận vận tải hàng hóa XNK bằng đường biển tại Công ty Cồ phần giao nhận vận tải Con Ong – chi nhánh Hà Nội vẫn còn nhiều tồn tại cần phải khắc phục. Những tồn tại đó là:
- Doanh thu của chi nhánh tăng giảm thất thường. Hoạt động của chi nhánh vẫn chưa đạt được một tốc độ ổn định trong xu thế tăng trưởng chung của kim ngạch XNK nước ta. Doanh thu năm 2007 là 27,176 tỷ đồng, năm 2008 doanh thu tăng lên là 33,597 tỷ đồng nhưng đến năm 2009 thì doanh thu của chi nhánh lại giảm xuống chỉ còn 29,892 tỷ đồng. Điều này cho thấy, các hoạt động nhằm giảm chi phí của chi nhánh đưa ra chưa mang lại hiệu quả mong muốn,
- Chi nhánh chưa thực hiện tốt khâu chăm sóc khách hàng. Hàng năm trung bình có một khách hàng không ký kết hợp đồng với chi nhánh nữa, thậm chí đó có thể là khách hàng truyền thống. Một số khách hàng thường xuyên đã chuyển sang đối tác khác.
- Hoạt động còn mang tính thời vụ. Công việc thường dồn vào 6 tháng cuối năm, 6 tháng đầu năm công việc rất ít nhưng chi nhánh vẫn phải trả lương đều cho nhân viên, vẫn phải khấu hao máy móc thiết bị nên hiệu quả rất thấp có tháng còn bị thua lỗ, thường phải lấy lãi của 6 tháng sau bù lại. Đây là một hạn chế cần có biện pháp khắc phục nếu không sẽ có ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh của chi nhánh.
- Giá cước ở một số tuyến đường còn khá cao so với sự cạnh tranh của các chi nhánh trong và ngoài nước. Tiêu biểu như giá cước ngày 31 tháng 3 năm 2010 tuyến đường vận chuyển một container 20 ft từ cảng Hải Phòng tới cảng Phòng (Trung Quốc) tại chi nhánh là 160USD, nhưng tại Vinalines giá cước chỉ là 150USD.
- Trang thiết bị xếp dỡ tuy đã được cải thiện nhưng vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu giao nhận ngày càng cao nên còn gây mất thời gian giao nhận. Hiệu quả sử dụng các phương tiện phục vụ cho hoạt động giao nhận còn thấp, chưa được khai thác triệt để. Bên cạnh đó, công tác bảo quản, duy tu bảo dưỡng thiết bị chưa được chi nhánh quan tâm đúng kịp thời dẫn tới tình trạng hư hỏng thiết bị gây lãng phí cho chi nhánh.
- Trình độ đội ngũ cán bộ còn hạn chế, hiệu quả làm việc chưa cao. Đội ngũ cán bộ của chi nhánh tuy được đánh giá so với các công ty khác là giỏi nghiệp vụ nhưng nếu so sánh với những đồng nghiệp trong khu vực và trên thế giới thì trình độ của nhân viên chi nhánh vẫn còn non yếu, chưa thể đáp ứng được yêu cầu hội nhập. Trong điều kiện mà có nhiều dịch vụ mới xuất hiện như dịch vụ Logistics thì những yếu kém trong đội ngũ cán bộ nhân viên càng bộc rõ. Thực tế hoạt động ở chi nhánh cho thấy rằng những sai sót, thiệt hại gây ra cho chi nhánh hầu hết là do các nhân viên thiếu kinh nghiệm và hạn chế về trình độ chuyên môn. Bên cạnh đó, hiệu quả việc làm còn chưa phản ánh đúng thực lực của chi nhánh.