- Hệ thống các văn bản pháp lý liên quan đến việc cung cấp, sử dụng các dịch vụ ứng dụng Internet như: e-banking, home banking,… cịn thiếu, chậm đổi mới và hồn thiện so với yêu cầu phát triển kỹ thuật cơng nghệ hiện đại và triển khai rộng rãi các dịch vụ ngân hàng hiện đại, chưa tạo cơ sở cho việc xử lý các tranh chấp, tạo ra tâm lý ngần ngại khi sử dụng và cung cấp các dịch vụ này. Chính sách quản lý ngoại hối và điều hành tỷ giá cịn bất cập, chưa khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi cho các giao dịch trên thị trường ngoại hối .
- Trình độ phát triển nền kinh tế nước ta cịn thấp và nền kinh tế thế giới cĩ nhiều bất ổn: đĩ là sự khủng hoảng kinh tế tồn cầu làm cho việc sử dụng dịch vụ ngân hàng trong dân cư giảm rõ rệt, cho nên các dịch vụ ngân hàng hiện đại khĩ phát triển.
- Mặt khác, chi phí đầu tư cơ sở hạ tầng cơng nghệ thơng tin hiện đại lớn địi hỏi các TCTD phải cĩ vốn lớn, nhưng trên thực tế vốn ở các ngân hàng vẫn cịn thấp, rất khĩ đầu tư phát triển cơng nghệ hiện đại.
- Thị trường thẻ VN hiện đang cĩ tiềm năng rất lớn, thu hút được sự quan tâm của nhiều TCTD cũng như của khách hàng, nhưng do sự đầu tư khơng đồng bộ nên hệ thống máy ATM của nhiều ngân hàng cịn ít và chưa kết nối được với nhau dẫn đến lãng phí trong đầu tư, chưa thật tiện dụng cho khách hàng.
- Thiếu sự phối hợp giữa các NHTM trong hoạt động thanh tốn thẻ. Điển hình là việc kết nối các NHTM trong liên minh thẻ Smartlink cịn xảy ra nhiều bất cập. Riêng
liên minh Smartlink cĩ 1.700 máy ATM và 3 triệu thẻ thì VCB đã chiếm hết 1.100 máy và 2,5 triệu thẻ. Như vậy, các ngân hàng khác tham gia vào liên minh này chỉ phát hành thẻ và để khách hàng sử dụng máy ATM của VCB chứ khơng đầu tư máy.
- Hệ thống thanh tốn điện tử liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước chủ trì tạo được điều kiện rất thuận lợi trong hoạt động thanh tốn và cĩ các ưu điểm là nhanh chĩng và chính xác. Tuy nhiên, hệ thống này hiện chưa kết nối hết trên tồn quốc đã tạo ra những hạn chế nhất định trong hoạt động thanh tốn của các ngân hàng. Bên cạnh đĩ, việc tập trung một số lượng lớn chứng từ vào giờ cao điểm vẫn cịn tồn tại làm tăng thêm áp lực cho hệ thống thanh tốn điện tử liên ngân hàng.
- Áp lực cạnh tranh giữa các NHTM ngày càng tăng. Trước hết là cạnh tranh từ các NHTMNN do các NH này đều cĩ chiến lược kinh doanh tương đồng (cùng nhắm tới các DNNN lớn). Thách thức khác đến từ các NHTMCP, đặc biệt là các NH đang cĩ ý định thành lập tập đồn lớn cĩ mạng lưới, nguồn nhân lực và tài chính đủ mạnh. Đối trọng này sẽ tạo sự cạnh tranh rất mạnh với VCB Nha Trang trên các phương diện: thanh tốn quốc tế, kinh doanh ngoại tệ, phát hành thẻ, và chính sách khách hàng với các sản phẩm dịch vụ ngân hàng hiện đại. Ngồi ra, sự cĩ mặt của các NH 100% vốn nước ngồi vốn rất mạnh về giao dịch ngoại hối, tài trợ thương mại cũng là một thách thức lớn đối với VCB. Bên cạnh đĩ, các khách hàng lớn của VCB (ví dụ như PV, EVN) đều thành lập cơng ty tài chính hoặc tham gia cổ đơng lớn trong các NHTMCP mới. Như vậy, cĩ thể thấy trong tương lai VCB sẽ khĩ duy trì được danh mục khách hàng cũng như vị trí hiện nay.
- Xuất hiện nhiều loại tội phạm cơng nghệ cao: Việc ứng dụng phổ biến e-banking là một xu thế tất yếu để phát triển DVNHHĐ và thương mại điện tử, tuy nhiên cùng với sự phát triển của cơng nghệ thơng tin, xuất hiện ngày càng nghiều tội phạm là các “hacker mũ đen” thâm nhập vào các website của các ngân hàng để đánh cắp dữ liệu, mật khẩu của khách hàng để lấy tiền hoặc phát tán virus gây hại, một số đạo chích tìm cách lấy cắp mật khẩu thẻ ATM để rút tiền của khách hàng, đã và đang đe dọa đến tài sản của ngân hàng và khách hàng.