Theo nguyên tắc, khi gia nhập WTO, các nước xin gia nhập phải đàm phán với mọi thành viên có quan tâm và qua 4 giai đoạn:
- Giai đoạn làm rõ chính sách: kèm theo đơn xin gia nhập, nước xin gia nhập phải đệ trình Bị vong lục mô tả hiện trạng chính sách thương mại. Một Ban công tác sẽ được thành lập, bao gồm các thành viên quan tâm đàm phán với nước xin gia nhập. Nước xin gia nhập có nghĩa vụ trả lời bằng văn bản các câu hỏi của các thành viên Ban công tác để làm rõ chính sách kinh tế - thương mại. Các câu hỏi và trả lời này sẽ là dữ liệu để Ban thư ký tổng hợp xây dựng Báo cáo của Ban công tác sau này.
- Giai đoạn đàm phán: Đàm phán thực chất chỉ bắt đầu sau khi đã có bước tiến đáng kể trong việc làm rõ chính sách, bao gồm đàm phán đa phương và đàm phán song phương. Đàm phán đa phương là đàm phán với cả Ban công tác về việc tuân thủ các hiệp định đa phương của WTO, theo đó, nước xin gia nhập phải đưa ra các cam kết về việc thực thi các hiệp định, lộ trình điều chỉnh pháp luật và hình thành các cơ chế, định chế cần thiết cho việc thực thi cam kết. Đàm phán song phương là đàm phán về mở cửa thị trường hàng hóa và dịch vụ với từng thành viên quan tâm, nhằm giải quyết các quyền lợi thương mại riêng. Khi kết thúc đàm phán song phương, các thoả thuận riêng sẽ được tổng hợp lại theo nguyên tắc “chỉ lấy cam kết tốt nhất” và mọi thành viên WTO đều được hưởng các cam kết “tốt nhất” này theo nguyên tắc MFN.
- Giai đoạn hoàn tất văn kiện gia nhập: Trên cơ sở kết quả đàm phán đa phương và song phương, Ban công tác sẽ tổng hợp và hoàn tất bộ văn kiện gia nhập, bao gồm các tài liệu chính: 1) Báo cáo của Ban công tác; 2) Biểu cam kết về mở cửa thị trường hàng hóa; 3) Biểu cam kết về mở cửa thị trường dịch
vụ; 4) Dự thảo Nghị định thư gia nhập. Sau khi thông qua các văn kiện này, Ban công tác hoàn thành nhiệm vụ của mình.
- Giai đoạn phê chuẩn: bộ văn kiện gia nhập sẽ được trình lên Hội nghị Bộ trưởng hoặc Đại hội đồng thông qua. Theo quy định của Hiệp định WTO, Hội nghị Bộ trưởng và Đại hội đồng sẽ thông qua văn kiện gia nhập khi có ít nhất là 2/3 số thành viên tán thành. Tuy nhiên, trên thực tế, các nước chỉ có thể gia nhập khi không có bất cứ thành viên nào phản đối. Sau khi bộ văn kiện được thông qua, nước xin gia nhập sẽ tiến hành thủ tục phê chuẩn trong nước. 30 ngày sau khi Ban Thư ký WTO nhận được thông báo của nước xin gia nhập về việc đã hoàn tất thủ tục phê chuẩn, nước đó mới chính thức trở thành thành viên của WTO [13].
Tóm tắt quá trình Việt Nam đàm phán gia nhập WTO được nêu rõ trong Tờ trình số 150/TTr-CP ngày 15 tháng 11 năm 2006 của Chính phủ. Theo đó, Việt Nam chính thức nộp đơn gia nhập WTO tháng 1/1995. Năm 1996, tại WTO, Ban Công tác (WP) về Việt Nam gia nhập WTO được thành lập với sự tham gia của trên 20 nước (đến thời điểm năm 2006, con số này là gần 40). Từ năm 1996 đến 2001, đàm phán tập trung chủ yếu vào việc làm rõ chế độ và chính sách thương mại của Việt Nam, với việc Việt Nam phải trả lời hơn 2000 câu hỏi có liên quan đến chính sách thương mại, kinh tế, đầu tư. Đến tháng 8/2001, Việt Nam chính thức đưa ra Bản chào ban đầu về hàng hóa và dịch vụ (Ininitial Offer) để bước vào giai đoạn đàm phán thực chất về mở cửa thị trường với các nước thành viên Ban Công tác. Việt Nam kết thúc đàm phán song phương gia nhập WTO bằng việc ký thoả thuận với Hoa Kỳ (ngày 31/5/2006), hoàn tất việc đàm phán với 28 đối tác có yêu cầu đàm phán với Việt Nam. Về đàm phán đa phương: Đến thời điểm năm 2006, Việt Nam đã tiến hành 15 Phiên họp với Ban Công tác về Việt Nam gia nhập WTO. Từ Phiên 9 (tháng 12/2004), Việt Nam cùng với Ban Công tác đã bắt đầu xem xét và thảo luận Dự thảo Báo cáo (DR) của Ban Công tác. Tại các Phiên 14 và 15
(10/2006), Việt Nam đã giải quyết được toàn bộ các vấn đề đa phương còn tồn đọng giữa Việt Nam với một số đối tác, hoàn tất về cơ bản đàm phán gia nhập WTO, hoàn chỉnh toàn bộ các tài liệu, chuẩn bị cho phiên họp đặc biệt của Đại hội đồng WTO xem xét, thông qua việc gia nhập của Việt Nam được tổ chức vào ngày 7/11/2006. Tại Lễ gia nhập ngày 7/11/2006, Bộ trưởng Bộ Thương mại, đại diện phía Việt Nam và Tổng Giám đốc WTO đã ký Nghị định thư về việc Việt Nam gia nhập WTO.
Nghị định thư gia nhập WTO được trình lên Quốc hội thông qua và Việt Nam trở thành thành viên chính thức của WTO kể từ ngày 11 tháng 01 năm 2007.