Về chính sách thuế quan, thực hiện chính sách đổi mới, mở cửa nền
kinh tế, nhà nước đã dần từng bước điều chỉnh lại hệ thống thuế quan cho phù hợp với thông lệ quốc tế. Trước năm 1987, do Việt Nam chưa có Luật Thuế xuất nhập khẩu đối với hàng mậu dịch nên chỉ có nguồn thu thuế từ xuất nhập khẩu hàng hóa phi mậu dịch, chiếm 7,4% (năm 1986) và 4,6% (năm 1987) thu ngân sách. Từ năm 1988, Luật Xuất khẩu, nhập khẩu hàng mậu dịch bắt đầu có hiệu lực, đánh dấu mốc quan trọng trong việc luật hoá chính sách xuất nhập khẩu, tạo điều kiện tăng thu thuế xuất nhập khẩu mậu dịch từ 4,3% (năm 1988) lên 9,9% (năm 1990) của thu ngân sách. Trong giai đoạn này hoạt động xuất nhập khẩu còn đơn giản, chế độ thuế quan được chia ra làm hai loại: thuế suất tối thiểu và thuế suất phổ thông. Nhìn chung, các mặt hàng chịu thuế được phân hạng còn chung chung, chưa được phân theo chủng loại, tính năng kỹ thuật, công nghệ cụ thể. Sau khi Liên Xô tan rã (tháng 8/1991), Quốc hội đã thông qua Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sửa đổi (có hiệu lực từ tháng 3/1992), nhằm hoàn thiện Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu hàng mậu dịch năm 1988. Theo đó, thuế suất được phân theo mức thuế suất ưu đãi và thuế suất thông thường. (Thuế suất ưu đãi chủ yếu dành cho hàng hóa xuất nhập khẩu theo các Hiệp định Thương mại giữa chính phủ hai nước có điều khoản ưu đãi về thuế xuất nhập khẩu). Số dòng thuế được phân loại cụ thể hơn, bao gồm 57 dòng thuế xuất khẩu, và số dòng thuế nhập khẩu tăng lên 2813 dòng. Mức tài sản ưu đãi được áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu từ các quốc gia và lãnh thổ đã ký hiệp định thương mại với Việt Nam. Năm 1992, lần đầu tiên Hệ thống Hài hoà hóa thuế quan được áp dụng.
Từ ngày 1/1/1996, thực hiện các cam kết với Quỹ tiền tệ Quốc tế (IMF), Việt Nam đã giảm thuế suất thuế nhập khẩu của một số mặt hàng có thuế suất trên 60%. Ngày 1/1/1999, Việt Nam áp dụng Luật sửa đổi một số
điều của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 1991. Theo quy định của Luật này, thuế suất thuế nhập khẩu của Việt Nam gồm ba loại: thuế suất thông thường, thuế suất ưu đãi và thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Thuế xuất khẩu chỉ đánh vào một số sản phẩm rất quan trọng, như khoáng sản hay tài nguyên thiên nhiên không có khả năng tái sinh mà được xuất khẩu ở dạng thô. Các sản phẩm khác không chịu thuế để thực hiện mục tiêu khuyến khích xuất khẩu.
Có thể nói, nhà nước đang có những nỗ lực lớn trong việc điều chỉnh chính sách thuế quan để thực hiện các cam kết hội nhập kinh tế quốc tế đa phương và song phương. Sau khi Việt Nam trở thành thành viên chính thức của ASEAN vào tháng 7/1995. Chính phủ đã xây dựng danh mục cắt giảm thuế (IL) với lộ trình thực hiện bắt đầu từ ngày 1/1/1996 để đạt mức thuế suất 0-5% vào ngày 1/1/2006 như cam kết. Đồng thời đã chuyển các sản phẩm loại trừ tạm thời (danh mục TEL) vào danh mục cắt giảm thành 5 đợt, mỗi đợt 20% số lượng mặt hàng mỗi năm, bắt đầu từ tháng 1/1999 và kết thúc vào tháng 1/2003. Kể từ tháng 1/2001 mức thuế suất của các mặt hàng trong danh mục cắt giảm không cao hơn 20%. Việc cắt giảm thuế được tiến hành song song với việc loại bỏ các biện pháp hạn chế định lượng.
Năm 2005, Chủ tịch nước đã ký Lệnh công bố Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu (có hiệu lực từ ngày 1/1/2006). Việc công bố hai luật này đã tạo cơ sở pháp lý thể hiện rằng Việt Nam đã và đang thực hiện các cam kết quốc tế để sẵn sàng cho hội nhập kinh tế khu vực và thế giới. Theo Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu sửa đổi, cách tính thuế được quy định theo một nguyên tắc thống nhất và duy nhất là theo trị giá hải quan. Quy định này thay thế cho quy định hiện hành, với nhiều cách tính thuế, như thuế theo giá trị hợp đồng, thuế tối thiểu v.v Điều này là phù hợp với các cam kết của Việt Nam trong các cuộc đàm phán song phương và đa phương về vấn đề Việt Nam gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới thời gian qua. Bên cạnh đó, để tạo thuận lợi cho hàng hóa xuất nhập khẩu, đồng thời thực hiện cải cách hành chính trong việc thu nộp thuế xuất nhập khẩu, Luật đã quy định theo hướng phù hợp với các quy định của Luật Hải
quan, khi tiến hành làm thủ tục hải quan thì cũng tiến hành khai nộp thuế. Luật mới này cũng đã bãi bỏ cơ chế cơ quan nhà nước ấn định số thuế doanh nghiệp phải nộp bằng thông báo thuế, thay vào đó, doanh nghiệp sẽ tự khai, tự tính, tự nộp thuế. Ngoài ra, những nội dung về miễn giảm thuế, được quy định trong tất cả các luật, như Luật Đầu tư nước ngoài, Luật Đầu tư trong nước, Luật Dầu khí, Luật Khoa học - Công nghệ v.v được đưa vào Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu, với mục đích nhằm thống nhất tất cả các quy định về thuế vào trong một luật thuế. Việc đưa các đối tượng được miễn giảm thuế vào cùng một luật cũng tạo sự bình đẳng giữa các thành phần kinh tế trong và ngoài nước.
Về chính sách phi thuế quan, trong giai đoạn 1986-1988, các qui định
về hạn ngạch là hết sức ngặt nghèo. Đi liền với hạn ngạch là việc áp dụng rộng rãi chế độ cấp giấy phép. Từ năm 1989, hàng năm, chính phủ đưa ra các biện pháp phi thuế quan như: danh sách các mặt hàng xuất nhập khẩu bị hạn chế định lượng; danh sách các mặt hàng cấm xuất nhập khẩu; và danh sách các mặt hàng thuộc dạng chỉ định đầu mối xuất nhập khẩu. Đối với hàng xuất khẩu, trong thời gian dài việc kiểm soát định lượng được thực hiện thông qua việc phân bổ hạn ngạch quota đối với hai mặt hàng chủ yếu là gạo và hàng dệt may. Việc hạn chế định lượng đối với một số mặt hàng nhập khẩu nhằm cân đối cung cầu trong nước được thực hiện từ năm 1994 khi chương trình công nghiệp hoá được bắt đầu ở Việt Nam với mục đích chính là nhằm bảo hộ một số ngành công nghiệp thay thế nhập khẩu. Ngoài biện pháp hạn chế định lượng, nhà nước còn sử dụng các biện pháp phi thuế quan khác như chỉ định các đầu mối xuất nhập khẩu, phụ thu, kiểm tra số lượng hàng nhập khẩu hải quan, bảng giá tối thiểu v.v.
Các biện pháp phi thuế quan được nhà nước sử dụng nhằm theo đuổi một loạt các mục tiêu khác nhau như cân đối cung cầu giữa hàng hoá sản xuất trong nước và hàng hoá nhập khẩu, giữa hàng hoá tiêu dùng nội địa và hàng hoá xuất khẩu, bảo hộ sản xuất và điều tiết tiêu dùng nội địa, bảo vệ sức khoẻ con người, động thực vật, môi trường, an toàn xã hội, và các tiêu chuẩn hàng
hoá. Tuy nhiên, trong hầu hết các trường hợp, hàng rào phi thuế quan có tác dụng bảo hộ ngành sản xuất trong nước - dù là có chủ ý hay không, và nhìn chung, hàng rào phi thuế quan là những công cụ không đáng mong muốn để đạt được các mục tiêu về chính sách thương mại.
Nhận thức được điều này, từ năm 2001, một số hàng rào phi thuế quan như hạn chế định lượng, chỉ thị đầu mối xuất nhập khẩu đã được dỡ bỏ sớm hơn lịch trình dự kiến. Các hàng rào phi thuế quan khác cũng sẽ được xoá bỏ dần dần trong vòng năm năm sau khi các sản phẩm được hưởng ưu đãi theo CEPT. Cùng với sự ra đời và đi vào thực hiện Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan (có hiệu lực từ 1/1/2006), các thủ tục hải quan sẽ được đối mới căn bản, chuyển từ quản lý hải quan theo kiểu cũ, tức là kiểm tra hàng hóa trực tiếp, sang hình thức quản lý rủi ro, chủ yếu dựa vào thông tin để xác định đối tượng có phải kiểm tra thực tế hàng hóa hay không. Các doanh nghiệp được phân loại theo mức độ tín nhiệm, tín nhiệm càng cao thì thông quan càng nhanh và ngược lại. Do đó, điều này sẽ tạo rất nhiều thuận lợi cho hoạt động của các doanh nghiệp thực hiện tốt những quy định của Luật Hải quan, đồng thời cũng tạo thuận lợi cho việc quản lý hải quan.
Như vậy, các chính sách thuế quan và phi thuế quan đã từng bước được cải cách theo hướng ngày càng phù hợp hơn với các thông lệ và cam kết quốc tế, đảm bảo tính minh bạch và dễ tiên liệu hơn cho hoạt động của các doanh nghiệp trong nước cũng như các nhà đầu tư nước ngoài. Điều này đã tạo ra động cơ và môi trường thuận lợi hơn cho các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế tham gia vào hoạt động thương mại, giúp huy động và phát huy tốt hơn mọi nguồn lực, đem lại lợi ích to lớn cho nền kinh tế đất nước.