Nhìn chung, trong tiến trình cải cách kinh tế, hội nhập kinh tế quốc tế, Chính phủ, với tư cách là "cơ quan chấp hành của Quốc hội và cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam” (theo Hiến pháp nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam 1992 và Luật Tổ chức Chính phủ 1992), đã thể hiện ngày càng rõ hơn tính chủ động, độc lập tương đối trong việc thực thi quyền hành pháp. Xét tổng thể, tổ chức bộ máy Chính phủ, các Bộ và cơ quan hành chính các cấp địa phương đã có sự đổi mới quan trọng nhất định về vai trò, chức năng, trách nhiệm cho phù hợp hơn với cơ chế kinh tế mới, cải cách định hướng thị trường và hội nhập kinh tế khu vực và quốc tế ở Việt Nam trong thời gian qua.
Về mặt tổ chức, nhìn chung, cơ cấu bộ máy chính phủ đã được sắp xếp lại gọn hơn, giảm bớt số Bộ và cơ quan ngang Bộ, đồng thời, vai trò, chức năng của Chính phủ và các Bộ, cơ quan ngang Bộ ngày càng được làm rõ, phân định rõ ràng hơn, phù hợp với tiến trình cải cách, hội nhập hơn. Điều này có ảnh hưởng tích cực làm cho biên chế của bộ máy quản lý gián tiếp tinh giảm hơn, vận hành quản lý tốt hơn, phù hợp với vai trò, tính chất của cơ quan nhà nước trong xã hội hiện đại. Sự đổi mới tổ chức các Bộ và cơ quan ngang Bộ nhằm nâng cao hiệu quả quản lý được thể hiện dưới các hình
thức: 1) Sát nhập các bộ/cơ quan ngang bộ9. 2) Tách một bộ/cơ quan ngang bộ thành hai hay nhiều bộ10. 3) Lập riêng các bộ và cơ quan ngang bộ mới cho phù hợp với tình hình kinh tế trong nước và bối cảnh hội nhập11. Những cải cách trong bộ máy hành chính nhà nước cũng được thể hiện qua việc thực hiện hiệu quả hơn sự tách bạch giữa quản lý hành chính của các cơ quan quản lý nhà nước với hoạt động quản lý kinh doanh của các doanh nghiệp, để từ đó giảm bớt sự can thiệp hành chính không cần thiết, không đúng chức năng vào quá trình sản xuất, kinh doanh, làm nảy sinh tiêu cực xã hội. Cơ quan hành chính địa phương các cấp cũng chuyển dần sang thực hiện vai trò, chức năng quản lý hành chính nhà nước theo cơ chế mới trên địa bàn hành chính, khắc phục một cách cơ bản sự lẫn lộn chức năng của các đơn vị sự nghiệp và đơn vị kinh doanh. Trong đó, chức năng của cơ quan chủ quản đối với doanh nghiệp nhà nước được xoá bỏ dần: việc giao quá nhiều chỉ tiêu bắt buộc cho doanh nghiệp, chủ yếu giao nghĩa vụ các khoản phải nộp ngân sách Nhà nước và trách nhiệm quản lý bảo toàn, phát triển vốn nhà nước giao cho doanh nghiệp cũng được giảm đáng kể, còn các doanh nghiệp được hoạt động tự chủ sản xuất, kinh doanh theo pháp luật. Bên cạnh đó, chức năng của Chính phủ và cơ quan hành chính nhà nước các cấp đã có bước chuyển đổi hết sức cơ bản là thực hiện chức năng quản lý nhà nước, bao quát các thành phần kinh tế, xã hội trong điều kiện cơ chế thị trường nhằm phục vụ cho đổi
9Ví dụ, tháng 10 năm 1995, ủy ban Kế hoạch Nhà nước và Uỷ ban Quốc gia về Hợp tác và Đầu tư được hợp nhất thành Bộ Kế hoạch và Đầu tư, nhằm thống nhất chức năng quản lý kế hoạch đầu tư trung và dài hạn và chi tiêu đầu tư. Năm 2002, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định chuyển Ban Vật giá Chính phủ và Tổng cục Hải quan vào Bộ Tài chính nhằm nâng cao tính hiệu quả quản lý của Chính phủ trong việc kiểm soát mức giá cả hàng hóa và dịch vụ thiết yếu, cũng như tăng cường hiệu quả phối hợp giữa Tổng cục Hải quan và Bộ Tài chính trong bối cảnh tự do hoá thương mại.
10Ví dụ, năm 2002, Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường được tách thành Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Khoa học và Công nghệ nhằm bảo đảm sự quản lý vĩ mô hiệu quả hơn, nâng cao trình độ khoa học công nghệ và bảo đảm sự phát triển bền vững của Việt Nam.
11Ví dụ, năm 1998, Uỷ ban Quốc gia về Hợp tác Kinh tế Quốc tế được thành lập nhằm mục đích định hướng cụ thể và điều phối các hoạt động của các bộ ngành và các cấp địa phương cụ thể trong quá trình tự do hoá thương mại, gia nhập WTO; Việc thành lập Cục Xúc tiến Thương mại thể hiện Việt Nam đã quan tâm hơn về việc phát triển mạng lưới, việc marketing quốc tế. Ngoài ra, năm 2002, Tổng công ty Bưu chính viễn thông được nâng lên thành Bộ Bưu chính viễn thông thể hiện tầm quan trọng của bưu chính viễn thông được Chính phủ Việt Nam coi trọng hơn trong bối cảnh kinh tế tri thức.
mới kinh tế - chuyển mạnh từ quản lý trực tiếp sang quản lý gián tiếp thông qua pháp luật và các công cụ quản lý vĩ mô. Việc cải cách các thủ tục hành chính mặc dù còn được triển khai chậm, song bước đầu đã đạt được một số kết quả đáng khích lệ. Việc áp dụng cơ chế “một cửa”, “một dấu”, và đưa vào ứng dụng thí điểm ở một số thành phố và địa phương chính phủ điện tử đã giúp cho người dân và các doanh nghiệp rút ngắn được rất nhiều thời gian, công sức và tiền bạc trong việc giải quyết các thủ tục hành chính, thủ tục đăng ký kinh doanh, tranh được các tiêu cực phí, giúp doanh nghiệp giảm được chi phí trong hoạt động sản xuất kinh doanh.