Quá trình xây dựng và khai thác cảng sông, cảng biển gây ra các tác động môi trường như sau:
- San lấp, phá nổ tạo mặt bằng trong quá trình xây dựng sẽ ảnh hưởng đến sử dụng đất, tái định cư, chất lượng không khí, tiếng ồn và rung động,...
- Xây dựng bến cảng, cầu tàu, kè bảo vệ bờ, đường nối cảng với trục đường đã có và đường nội cảng, đường ray nối cảng với ga và đường ray nội cảng, kho, xưởng, các văn phòng làm việc, hệ thống cấp thoát nước và nhà vệ sinh; vận chuyển vật liệu xây dựng; bốc xếp hàng hoá vào, ra cảng,... Các hoạt động này sẽ gây ảnh hưởng đến chất lượng không khí, tiếng ồn, rung động, và chất lượng sống của cư dân địa phương.
- Nạo vét luồng lạch dẫn tàu, vùng neo tàu và vùng quay trở tàu. Việc nạo vét định kỳ luồng dẫn tàu sẽ gây ô nhiễm môi trường nước, ảnh hưởng đến hệ sinh thái cảng biển và sản lượng đánh bắt thuỷ sản, ảnh hưởng đến hoạt động ngư nghiệp,...
- Hoạt động của cảng (bốc xếp hàng hoá, vận chuyển hàng hoá ra vào cảng bằng xe tải, tàu hoả; hoạt động của tàu ra vào cảng,...), sinh hoạt của cán bộ công nhân
---
cảng, sinh hoạt của thuỷ thủ trong thời gian tàu neo đậu ảnh hưởng đến nếp sống xã hội (xu hướng công nghiệp hoá, công việc, giao tiếp, bệnh nghề nghiệp,...), ảnh hưởng tới sử dụng đất, phong cảnh và du lịch, ô nhiễm không khí và ô nhiễm nước,...
Trong các tác động gây ra bởi xây dựng và khai thác cảng sông và cảng biển, ô nhiễm nước và tác động đến hệ sinh thái nước là vấn đề cơ bản nhất.