Lượng mưa trung bình nhiều năm vùng ven biển tỉnh Khánh Hòa phân bố không đều theo không gian (bảng: 2.10). Lượng mưa giảm dần từ bắc vào nam, cao nhất ở vùng Ninh Hòa và thấp nhất là vùng Cam Ranh.
Bảng 2.10: Lượng mưa trung bình nhiều năm
Trạm Đá Bàn Hòn Khói Ninh Hòa Nha Trang Cam Ranh
Lượng mưa, mm 1487 1188 1434 1356 1187
Lượng mưa năm có sự biến động khá mạnh so với các yếu tố khí hậu khác, vùng nhiều mưa nhất và vùng ít mưa nhất chênh lệch nhau từ 400 - 800mm. Vùng núi cao phía tây có lượng mưa năm lớn hơn 2.000mm, là vùng mưa nhiều nhất ở Khánh Hòa, tiếp theo là các sườn núi cao đón gió phía tây nam với lượng mưa năm xấp xỉ 2.000mm. Nơi ít mưa nhất là vùng đồng bằng ven biển phía nam (lưu vực các sông Tà Rục, sông Cạn, suối Hành, suối Cát) mức xấp xỉ 1.200mm. Các vùng khác lượng mưa năm đạt từ 1.350 - 1.500mm. Nhìn chung, lượng mưa năm tăng theo độ cao địa hình từ đông sang tây, từ nam đến bắc ở đồng bằng, vùng núi thì ngược lại.
Bên cạnh đó tỉnh Khánh Hoà cũng có mùa khô kéo dài tới 8 tháng nên lượng nước bốc hơi cũng tương đối lớn khoảng 1.329mm tương ứng với 6,9km3/năm. Lượng nước này sẽ tạo thành dòng chảy tràn trên sông suối, ao hồ, và một phần ngấm vào lòng đất tạo thành dòng chảy ngầm.
Do lượng mưa năm không những phân bố không đều trong lãnh thổ mà còn phân phối rất không đều trong năm và biến đổi theo mùa: mùa mưa và mùa khô. Lượng mưa trong mùa mưa chiếm tới 65 - 75% tổng lượng mưa năm. Mùa khô kéo dài 8 tháng, nhưng lượng mưa rất ít, chỉ chiếm 25 - 35% tổng lượng mưa năm, có năm có nơi hàng 2 - 3 tháng liền không mưa hay mưa rất ít.
Từ đó có thể nhận thấy, tuy lượng mưa năm ở phần lớn các nơi khá phong phú, nhưng sự phân phối rất không đều trong năm là nguyên nhân chủ yếu gây ra hạn hán, thiếu nước cho sinh hoạt và sản xuất, nhất là sản xuất nông nghiệp trong mùa khô, nhưng lại gây ra lũ lụt trong mùa mưa lũ.