Các công cụ kinh tế được sử dụng trong quản lý nguồn nước để phân phối công bằng hợp lý nguồn nước, đảm bảo phục vụ phát triển và bảo tồn trữ lượng nước, bảo vệ chất lượng nước, làm giảm thiểu các tác động bất lợi tới nguồn nước. Các công cụ kinh tế đa mục tiêu theo định hướng thị trường trong quản lý nguồn nước gồm: Cấp giấy phép, thu phí và tiền phạt, định giá nước và thu tiền dùng nước. Cấp giấy phép, là công cụ đơn giản, ít tốn chi phí quản lý, nhưng thường gặp khó khăn trong việc giám
sát thực thi, không có tác động hiệu quả đối với việc khuyến khích một hành vi cụ thể và không mang lại nguồn thu. Phí và tiền phạt, là công cụ đơn giản, có thể dễ định hướng để khuyến khích những thay đổi hành vi cụ thể, nhưng tốn nhiều chi phí hơn, khó giám sát thực thi và không mang lại nhiều nguồn thu.
Quản lý tổng hợp nguồn nước một cách hiệu quả sẽ nội hoá tất cả các tác động hướng ngoại trong một khu vực, đòi hỏi người quản lý phải đánh giá được các tác động ở vùng hạ lưu như những chi phí cơ hội. Đây là trung tâm của công tác quản lý lưu vực sông. Giá trị đối với người sử dụng là giá trị thu được từ việc dùng nước cho một mục đích cụ thể duy nhất. Giá trị hệ thống là tổng giá trị tạo ra được bởi một đơn vị nước khi nó chảy qua hệ thống sông. Giá trị hệ thống là tổng hợp tất cả những giá trị đối với người sử dụng theo một cách thức sử dụng nước cụ thể, cộng chi phí cơ hội và các tác động hướng ngoại. Xem xét những thay đổi giá trị hệ thống trong những phương án quản lý khác nhau có thể giúp cho các nhà quản lý đánh giá tính hiệu quả tương đối của chúng, trong khi đó các giá trị đối với người sử dụng cho chúng ta thông tin về việc phân bổ chi phí và lợi ích nhằm đánh giá mức độ công bằng trong mỗi phương án.
Phân bổ nguồn nước và mô hình tăng trưởng, phát triển: Việc phân bổ nguồn nước là điều kiện tiên quyết cho tăng trưởng và xoá đói giảm nghèo đã được chấp nhận rộng rãi, nhưng tác động của sự phân bổ nguồn nước giữa các ngành với nhau trong cơ cấu kinh tế, tăng trưởng và mô hình phát triển còn ít được cân nhắc đến. Các lĩnh vực như nông nghiệp, công nghiệp và dịch vụ thường có những nhu cầu dùng nước có tính cạnh tranh. Việc phân bổ nước thế nào cho các lĩnh vực đó sẽ, hoặc là tạo điều kiện thuận lợi, hoặc hạn chế sự tăng trưởng tương đối của chúng, dẫn đến những nền kinh tế rất khác nhau trong tầm trung hạn, với những phúc lợi khác nhau. Cũng tương tự, những khuyến khích cho việc sử dụng nước trong nội ngành ở từng lĩnh vực sẽ có tác động đến phúc lợi, tăng trưởng và bình đẳng. Ví dụ trong nông nghiệp, sự cân bằng giữa một nền nông nghiệp tự cung tự cấp truyền thống (thường nhằm vào những đối tượng rất nghèo và tạo thêm cho họ nhiều cơ hội việc làm) và sản xuất công nghệ cao (tạo ra những giá trị gia tăng lớn cho một nhóm nhỏ hơn) sẽ ảnh hưởng mạnh mẽ đến giá trị của sản xuất nông nghiệp và việc phân bổ những lợi ích đó.