Khánh Hòa không nằm trong khu vực có lượng mưa lớn, nên để quản lý khai thác, sử dụng NDĐ hợp lý và bền vững cần tuân thủ một loại hình quản lý được lựa chọn phù hợp với điều kiện tự nhiên của khu vực.
Ở Khánh Hòa, loại hình quản lý phù hợp nhất là “khai thác, sử dụng nguồn bổ cập cho tầng chứa nước kết hợp với khai thác, sử dụng một phần trữ lượng tĩnh”. Cơ sở khoa học của loại hình quản lý này là sau khi bị khai thác hơi quá mức một chút trong mùa khô, trữ lượng NDĐ có thể được bù đắp một cách tự nhiên bởi sự gia tăng lượng nước thấm xuống trong mùa mưa tiếp theo và mực nước tĩnh lại được hồi phục hoàn toàn như năm trước.
Xuất phát từ nội dung căn bản của loại hình quản lý nói trên, có thể xác định thứ tự ưu tiên cho việc sử dụng NDĐ ở vùng này như sau: ưu tiên hàng đầu là “nước uống”, sau đó là “nước công nghiệp”, “nước dùng cho nông nghiệp, chăn nuôi”, “nước tưới” và nước dùng vào các mục đích khác.
Về phương pháp khai thác NDĐ, cần dựa vào điều kiện về địa hình, bề dày tầng chứa nước, độ sâu mực nước tĩnh, tính chất áp lực, nguồn năng lượng.... để có thể áp dụng cho phù hợp như sau:
- Đối với các tầng chứa nước lộ trên mặt đất hay nằm gần sát mặt đất, đất đá bở rời, mực NDĐ nông, có thể đào giếng khơi, hay khoan nông, lấy nước bằng các biện pháp thủ công (dùng gàu múc, cần vọt, bơm lắc tay...) hoặc dùng bơm ly tâm trục ngang hay bơm điện chìm loại nhỏ;
- Đối với tầng chứa nước nằm sâu hơn, là tầng chứa nước có áp, khi mực nước nông, thì khoan giếng lắp bơm lắc tay hay bơm ly tâm, bơm điện chìm, có thể đặt giếng khoan bên trong một giếng đào đường kính lớn, trong trường hợp lưu lượng giếng khoan nhỏ; nếu NDĐ dâng cao trên mặt đất, thì có thể lắp đường ống cho nước tự chảy về bồn chứa, để dùng;
- Ở vùng chân núi, nên đào hào, hoặc khoan giếng, đào giếng ở ven chân núi, gom nước về một bồn chứa, rồi dẫn về nơi sử dụng; nếu có các mạch lộ thì cũng khai rộng và dẫn nước về nơi sử dụng;
- Ở các bãi bồi ven sông, nên đào hào hoặc khoan giếng theo những tuyến dọc theo bờ sông nhằm thu nước thấm lọc từ sông; đối với những sông nhỏ, suối có thể khoan ngay tại lòng sông, suối, chống ống cao, vượt khỏi mặt nước để bơm hút nước từ giếng;
- Đối với các tiểu vùng NDĐ bị nhiễm bẩn, cần có biện pháp xử lý nước cho phù hợp trước khi sử dụng nước hoặc khai dẫn nước từ ngoài đưa vào để sử dụng cho sinh hoạt của cộng đồng hay cho các mục đích khác.