Căn cứ vào các nguyên tắc phân vùng nêu trên, điều kiện tự nhiên, quy hoạch thủy lợi của tỉnh và tham khảo các công trình nghiên cứu trước, chia các lưu vực sông suối nội tỉnh Khánh Hòa thành 7 vùng sử dụng nước để tính toán như sau:
- Vùng Bắc Vạn Ninh: thuộc lưu vực sông Tân Phước, bao gồm diện tích các xã Đại Lãnh, Vạn Phước, Vạn Long, Vạn Khánh, Vạn Thọ. Dân số khoảng 28.002 người.
- Vùng Nam Vạn Ninh: thuộc các lưu vực sông Đồng Điền, sông Hiền Lương và suối Đồng Công, bao gồm các xã Vạn Thắng, Vạn Bình, Vạn Phú, Vạn Khánh, Vạn Hưng, Vạn Lương, Xuân Sơn và thị trấn Vạn Giã. Dân số khoảng 79.856 người.
- Vùng Nam Ninh Hòa: thuộc lưu vực các sông Tam Ích, suối Tiên Du, bao gồm các xã Ninh Xuân, Ninh Bình, Ninh Tân, Ninh Quang, Ninh Hưng, Ninh Lộc, Ninh Hà, Ninh Giang, Ninh Đa, Ninh Phú, Tiên Du và thị trấn Ninh Hòa (cũ). Dân số khoảng 46.547 người.
- Vùng Ninh Ích: thuộc lưu vực suối Ba Hồ, gồm xã Ninh Ích - thị xã Ninh Hòa và một phần phía Bắc của xã Vĩnh Lương - thành phố Nha Trang. Dân số khoảng 10.692 người.
- Vùng Lư Cẩm - Đồng Bò: thuộc các lưu vực sông Lư Cẩm (Quán Trường), sông Đồng Bò, bao gồm các xã, phường Phước Đồng, Vĩnh Thái, Vĩnh Trường, Phước Hải, Phước Long, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Ngọc, Vĩnh Thạnh, Vĩnh Trung của thàng phố Nha Trang; các xã Diên An, Diên Toàn, Suối Hiệp, Diên Bình, Diên Lộc, Suối Tiên của huyện Diên Khánh; các xã Suối Tân, Suối Cát của huyện Cam Lâm. Dân số khoảng 190.504 người.
- Vùng Cam Lâm: thuộc các lưu vực suối Cốc, suối Nước Ngọt (suối Cát), gồm các xã Cam Hòa, Cam Tân, Cam Hải Tây, Cam Hải Đông, Cam Đức, Cam Nghĩa, Cam Hiệp Bắc, Cam Hiệp Nam, Sơn Tân, Cam Thành Bắc, Cam Thành Nam, Cam Phúc Bắc, Cam Phúc Nam, Cam An Nam và một phần Cam An Bắc. Dân số khoảng 101.932 người.
- Vùng Cam Ranh: thuộc lưu vực các sông Lạch Cầu 1 (Tà Rục), sông Cạn và suối Hành, bao gồm các xã Cam Phước Tây, một phần Cam An Bắc và Cam An Nam của huyện Cam Lâm; các xã Cam Phước Đông, Cam Lộc, Ba Ngòi, Cam Thịnh Đông và Cam Thịnh Tây của thành phố Cam Ranh. Dân số khoảng 122.261 người.
3.1.2. Phương hướng khai thác sử dụng bền vững tài nguyên nước mặt 3.1.2.1. Phương hướng khắc phục ô nhiễm nguồn nước