Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.3. Phương pháp nghiên cứu
2.3.4. Các chỉ số nghiên cứu
Đối với kỹ thuật nested-PCR: Tính đặc hiệu của mồi, tính chính xác của các thành phần phản ứng và của chu trình nhiệt, ngưỡng phát hiện.
+ Tính đặc hiệu: Là khả năng nhận diện ADN của nấm C. neoformans mà không nhận diện ADN của sinh vật khác như ADN của vi khuẩn, ADN của các nấm khác với C. neoformans, ADN người;
+ Ngưỡng phát hiện: Là giới hạn nồng độ ADN của nấm C. neoformans thấp nhất mà kỹ thuật nested PCR còn phát hiện được 100%;
Đối với bộ sinh phẩm nested-PCR: Quy cách đóng gói, chứng âm, chứng dương, độ nhạy, độ đặc hiệu, sự tương đồng, tính ổn định của bộ sinh phẩm. + Quy cách đóng gói phù hợp nhất để sử dụng đảm bảo thời hạn sử dụng, không gây tạp nhiễm, hoặc nhiễm chéo.
+ Chứng âm, chứng dương đảm bảo tính đặc hiệu của bộ sinh phẩm.
+ Độ nhạy (Se - sensitivity): Là tỷ lệ mẫu bị bệnh có kết quả xét nghiệm dương tính (ở đây chúng tơi sử dụng mẫu bị bệnh là mẫu chuẩn dương của chủng chuẩn ATCC 90113 được pha loãng ở các nồng độ khác nhau và các mẫu nuôi cấy đã được xác định nhiễm C.neoformans)
+ Độ đặc hiệu (Sp - specificity): Là tỷ lệ mẫu khơng bị bệnh có kết quả xét nghiệm âm tính (trong nghiên cứu chúng tơi lựa chọn 2 loại mẫu âm tính là dung dịch nước muối sinh lý NaCl 0,9% và mẫu dịch não tủy không chứa nấm C. neoformans đã được khẳng định bằng nuôi cấy và xét nghiệm lại theo bộ sinh phẩm của hãng Norgen).
xác định với phương pháp chuẩn (được gọi là chuẩn vàng, gold standard) hoặc sử dụng các các mẫu chuẩn để đánh giá. Trong trường hợp của này chúng tôi sử dụng chuẩn vàng là phương pháp ni cấy.
Xác định mẫu dương tính thật (TP - true positive): mẫu dương tính thật trong nghiên cứu này được xác định bao gồm mẫu chuẩn dương C. neoformans
ATCC 90113 và các mẫu C. neoformans phân lập được ở bệnh nhân người
Việt Nam xác định là C. neoformans bằng phương pháp nuôi cấy sau đó
khẳng định lại bằng sinh học phân tử.
Mẫu âm tính thật (TN – true negative): Là các mẫu không chứa C. neoformans bao gồm nước cất và mẫu dịch não tủy không chứa C. neoformans (khẳng định bằng nuôi cấy và sinh học phân tử)
Sau đó để đánh giá khả năng áp dụng của bộ sinh phẩm này trên mẫu lâm sàng, yêu cầu phải đánh giá bộ sinh phẩm trên các mẫu lâm sàng thu từ thực địa. Đối với các mẫu lâm sàng khi xét nghiệm có thêm khái niệm:
Mẫu dương tính giả (FP - false poisitive): Mẫu âm tính nhưng vì một lý do nào đó khi xét nghiệm cho kết quả dương tính.
Mẫu âm tính giả (FN - false negative): Mẫu dương tính nhưng vì một lý do nào đó khi xét nghiệm cho kết quả âm tính.
Giá trị tiên đoán dương (PPV - positive predictive value): Là tỷ lệ người có kết quả xét nghiệm dương tính thật sự mang bệnh.
Giá trị tiên đoán âm (NPV - negative predictive value): Là tỷ lệ người có kết quả xét nghiệm âm tính thật sự khơng mang bệnh.
Xét nghiệm có độ nhạy cao sẽ cải thiện giá trị tiên đốn âm (ít kết quả âm tính giả). Xét nghiệm có độ đặc hiệu cao giúp cải thiện giá trị tiên đốn dương (ít kết quả dương tính giả).