TT Ký hiê ̣u mẫu Vị trí phân lập Hình thái Nested PCR
1 ATCC® 90113 Chủng chuẩn, Mỹ Điển hình Băng đặc hiệu 135 bp 2 Vn_N17 Dịch não tủy Điển hình 135 bp
3 Vn_N41 Dịch não tủy Điển hình 135 bp 4 Vn_N57 Dịch não tủy Điển hình 135 bp 5 Vn_N58 Dịch não tủy Điển hình 135 bp 6 Vn_N61 Dịch não tủy Điển hình 135 bp 7 Vn_N117 Dịch não tủy Điển hình 135 bp 8 Vn_N132 Dịch não tủy Điển hình 135 bp
Bảng 3.17 nhận thấy sản phẩm PCR2 chạy với các điều kiện đã tối ưu của kỹ thuật nested PCR, sau khi điện di đều có băng 135 bp đặc hiệu của nấm
C. neoformans.
Chọn 02 mẫu N117 và N132 để giải trình tự kiểm tra tính đặc hiệu của sản phẩm trên ngân hàng gen.
a
b
Hình 3.15. Kết quả PCR2 các mẫu N117 và N132 a) Sản phẩm PCR2 các mẫu Vn_N117 và Vn_N132 a) Sản phẩm PCR2 các mẫu Vn_N117 và Vn_N132
b) Tỷ lê ̣ tương đồng của mẫu Vn_N117 với ngân hàng gen
Mẫu N117 và N132 xuất hiê ̣n band đă ̣c hiê ̣u kích thước 135 bp, bằng kích thước của chủng chuẩn ATCC® 90113. Trình tự nucleotid của mẫu N117 có trình tự tương đồng 100% với các mẫu KJ459921.1 và KJ371116.1 trên ngân hàng gen.
3.1.4. Kết quả chế tạo bộ sinh phẩm nested-PCR chẩn đoán nhiễm nấm
C. neoformans
3.1.4.1. Kết quả chế tạo các ống hỗn dịch cho phản ứng PCR
- Chế tạo các ống hỗn dịch cho bộ kít dạng 1: Có 2 loại ống hỗn dịch ký hiệu là MX1 và MX2 mỗi loại 2 ống
Ống hỗn hợp MX1: Ống hỗn dịch MX1 bao gồm các hóa chất cho phản ứng PCR 1 với thành phần cụ thể trong bảng sau: