Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.2. Dụng cụ, vật liệu, thiết bị sử dụng trong nghiên cứu
Nguyên vật liệu và trang thiết bị là các các thiết bị khoa học, sinh phẩm, hóa chất, vật liệu tiêu hao, môi trường cơ bản phục vụ công việc nuôi cấy tế bào, phân lập nấm và các thử nghiệm sinh học phân tử.
2.2.1. Cơ sở vật chất và trang thiết bị, máy móc
Phịng thí nghiệm an tồn sinh học cấp độ 2, có đầy đủ các khu vực nuôi cấy tế bào, xử lý bệnh phẩm, trước PCR, PCR, và sau PCR: Máy ly tâm lạnh Mikro 22R (Hettech, Đức); Tủ an toàn sinh học (Nuaire, Hàn Quốc); Tủ lạnh âm sâu (Esco, Singgapore; Sanyo, Nhật); Máy PCR (Eppendorf, Đức; ABI 9700, Mỹ); Máy soi và chụp gel (Biorad, Mỹ); Bộ diện di (Applo CLP 300, Mỹ); Micropipette (Eppendorf, Đức); Máy vortex (Gyromax 737R, Mỹ); Máy ủ nhiệt có lắc (Eppendorf); lị vi sóng (Sharp, Trung Quốc)…
2.2.2. Sinh phẩm hóa chất
+ Các hóa chất cơ bản: Cồn Ethanol 700, ETDA, đường Glucose, dung dịch NaCl 0,9%, dung dịch mực tàu;
+ Môi trường tăng sinh nấm: Sabouraud + Chloramphenicol; + Enzyme phá màng lyticase (Sigma);
+ Bộ kít tách chiết ADN QiAamp® DNA mini kit của hãng Qiagen (Code 51304, Mỹ);
+ Bộ kít tách chiết ADN của nấm/nấm men Fungi/Yeast Genomic DNA Isolation Kit (Cat. # 27300, Norgen Biotek Corp).
+ Hóa chất điện di: gel agarose (Serva, Đức), dung dịch TBE 10X (Corning, Mỹ), thang DNA chuẩn 100bp hoặc 50bp (Invitrogen), Loading dye (Promega), redsafe…
+ Các cặp mồi cho các phản ứng PCR do công ty Integrated DNA Technologies (IDT) - Mỹ cung cấp theo yêu cầu của luận án cụ thể như sau:
Bảng 2.1. Các mồi chung khuếch đại gen đích vi nấm Tên Tên mồi Trình tự (5’-3’) Kich thước sản phẩm khuếch đại Nguồn tham khảo
ITS1 TCC GTA GGT GAA CCT GCG G 555bp ở
C. neoformans
Mirhendi SH và CS (2001)
ITS4 TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC
CN4 ATC ACC TTC CCA CTA ACA CATT 135bp của C. neoformans
Guizhen L. và CS (2002)
CN5 GAAGGGCATGCCTGTTTGAGAG
2.2.3. Các hóa chất, sinh phẩm khác
+ PCR Mastermix 2X (Thermofisher, code #K1071); + Master mix cho realtime PCR (Thermofisher, #K0351); + Dung dịch Mg2+ nồng độ 25mM (Lot: 00097122);
+ Nước khử ion dùng cho sinh học phân tử (Corning, Mỹ); + Gel Agarose (Serva, Đức);
+ Môi trường Sabouraud agar (Code: VM241138, Merk, Đức); + Dung dịch Redsafe (Intron, Hàn Quốc).
2.2.4. Dụng cụ, phụ tùng, vật tư tiêu hao
+ Ống falcon 15 (Corning, Mỹ); Đầu cơn có filter 10 QSP (TF140-20- Q, Mỹ); Đầu cơn có filter 200 QSP (TF140-200-Q, Mỹ); Đầu cơn có filter 1000 QSP (TF140-1000-Q, Mỹ); Ống tube chạy PCR, ống tube realtime PCR (QSP, Mỹ); Eppendorf 1.5ml (QSP, Mỹ); Khay giữ lạnh bằng nhựa; Đĩa petri nhựa; Khẩu trang Y tế (Việt Nam); Găng tay y tế không bột HD-MED (Malaysia); Giấy, bút, sổ ghi chép…