Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.5. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu
Phân tích số liệu dựa trên các phần mềm chuyên biệt cho sinh học phân tử như Blast và ClustalX để xác định tính đặc hiệu của bộ mồi.
- Kỹ thuật phân tích các trình tự ADN các cơng cụ tin sinh học như BioEdit, Mega 7.0.9.
- Kỹ thuật so sánh trình tự gen thu được với trình tự trên ngân hàng gen sử dụng công cụ https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi;
Các số liệu định tính được thu thập qua hình ảnh ni cấy, hình ảnh PCR, tính tỷ lệ dương tính, để xác định nồng độ của các chất tham gia phản ứng: Mg2+, mồi, ADN khuôn; ngưỡng phát hiện của phản ứng, chu trình nhiệt của phản ứng: Nhiệt độ bám mồi, số chu kỳ nhiệt....
- Các số liệu được ghi chép, mã hóa và xử lý bằng phần mềm y xã hội học SPSS 20.0.
- Số liệu được phân tích căn cứ vào số chỉ số: độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương, giá trị tiên đoán âm, chỉ số phù hợp tiên đốn (Kappa)...
- Cách tính độ nhạy, độ đặc hiệu của bộ sinh phẩm trên các nền mẫu khác nhau như sau [78, 89, 90]:
+ Độ nhạy và độ đặc hiệu lâm sàng (trong xét nghiệm chẩn đoán): Độ nhạy và độ đặc hiệu lâm sàng của phương pháp được tính toán trên các mẫu chuẩn dương, chuẩn âm, giả định theo các định nghĩa nêu tại mục 2.6.2
- Độ nhạy: Độ nhạy của một xét nghiệm chẩn đốn được là tỷ lệ dương tính thật có kết quả xét nghiệm dương tính và được xác định theo cơng thức sau:
Trong đó: Pse là độ nhạy; TP: số lượng mẫu dương tính thật (true positive); FN: số lượng mẫu âm tính giả (false negative)
- Độ đặc hiệu: Độ đặc hiệu của một xét nghiệm chẩn đoán được định nghĩa là tỷ lệ âm tính thật có kết quả xét nghiệm âm tính và được tính theo cơng thức sau:
Trong đó: P là đặc hiệu; TN: số lượng mẫu âm tính thật (true negative); FP: số lượng mẫu dương tính giả (false poisitive)
Giá trị tiên đoán dương: Giá trị tiên đoán dương được định nghĩa là tỷ lệ có kết quả xét nghiệm dương tính thật sự dương tính và được tính theo cơng thức sau:
positive); FP: số lượng dương tính giả (false positive)
Giá trị tiên đoán âm (negative predictive value - NPV) được định nghĩa là tỷ lệ có kết quả xét nghiệm âm tính thật sự âm tính và được tính theo cơng thức sau:
- Cách tính chỉ số phù hợp chẩn đốn giữa 2 phương pháp:
Nested-PCR Phương pháp xét nghiệm khác Tổng
(+) (-)
(+) a (dương tính thật) c (dương tính giả) a+c (-) b (âm tính giả) d (âm tính thật) b+d Tổng a+b c+d N=a+b+c+d Chỉ số Kappa (K): K= Po−Pe 1−Pe Po=𝑎+𝑑 𝑁 Pe=𝑃𝑒(+)+𝑃𝑒(−) 𝑁 ; Pe(-)=(c+d)x (b+d)
N ; P(e+)=(a+b)x (a+c)
N
Trong đó:
K : là chỉ số tương đồng Kappa giữa 2 phương pháp xét nghiệm.
Po: là tỉ lệ 2 phương pháp xét nghiệm cho kết quả giống nhau (cùng âm hoặc cùng dương).
Pe: là tỉ lệ phù hợp mong muốn N: là tổng số mẫu nghiên cứu Độ mạnh của K:
0 – 0,4: yếu ; 0,41 – 0,6: trung bình; 0,61 – 0,8: tốt ; 0,81 – 1: rất tốt (hoàn toàn thống nhất)