Cùng với hệ thống cơ quan Thanh tra nhà nước, trong nhiều luật và pháp lệnh hiện hành đều quy định việc tổ chức Thanh tra chuyên ngành. Quy định này nhằm tạo cơ sở pháp lý cho việc thanh tra thực hiện pháp luật của các cơ quan nhà nước. Tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của Thanh tra chuyên ngành về từng lĩnh vực đều được giao cho Chính phủ quy định. Trên thực tế ở nhiều Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và một số
Sở ở địa phương ngoài cơ quan thanh tra nhà nước làm chức năng thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ kế hoạch nhà nước của các cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý của Bộ, sở; xem xét việc giải quyết khiếu nại, tố cáo lại song song tổ chức hệ thống cơ quan Thanh tra chuyên ngành từ trung ương đến địa phương, độc lập với Thanh tra Bộ, thậm chí có Bộ, ngành có tới 3 - 4 đầu mối Thanh tra chuyên ngành. Các cơ quan thanh tra chuyên ngành đã được thành lập bằng các nghị định, quyết định của Chính phủ.
Hiện nay, tồn tại nhiều mô hình tổ chức Thanh tra chuyên ngành, điển hình như sau:
- Mô hình Thanh tra được tổ chức thành một cơ quan Thanh tra thống nhất, cú cỏc bộ phận chuyên trách, trong đó bao gồm bộ phận thanh tra về từng lĩnh vực, thanh tra việc chấp hành pháp luật của Bộ hoặc ngành. Tổ chức theo mô hình này có ưu điểm là gọn đầu mối, một Bộ chỉ có một cơ quan Thanh tra, Mô hình này được áp dụng tại Bộ y tế, Bộ Văn hoá - Thông tin... Theo đó, Thanh tra Bộ y tế vừa thực hiện chức năng thanh tra theo thẩm quyền quản lý nhà nước của Bộ y tế, vừa thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về khám, chữa bệnh, dược... Mỗi bộ phận Thanh tra có một Phó Chánh thanh tra phụ trách. Chánh thanh tra phụ trách chung và phụ trách trực tiếp bộ phận giải quyết khiếu nại, tố cáo. Thanh tra Bộ Văn hoá - Thông tin vừa thực hiện chức năng thanh tra theo thẩm quyền quản lý nhà nước của Bộ Văn hoá - Thông tin, thanh tra giải quyết khiếu nại, tố cáo vừa thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về các lĩnh vực quản lý nhà nước do Bộ văn hoá- thông tin phụ trách, như báo chí, xuất bản, di sản văn hoá, quảng cáo...
- Mô hình thanh tra Bộ, thanh tra sở theo ngành dọc đồng thời tổ chức thanh tra chuyên ngành về từng lĩnh vực do Bộ, ngành phụ trách. Mô
hình này được áp dụng tại Bộ giao thông vận tải, Bộ tài chính, Bộ lao động, thương binh và xã hội... Chẳng hạn ở Bộ Giao thông vận tải, bên cạnh việc tổ chức Thanh tra Bộ, Thanh tra Sở giao thông vận tải theo lĩnh vực quản lý, Bộ giao thông vận tải còn tổ chức Thanh tra chuyên ngành về an toàn hàng hải, Thanh tra an toàn hàng không, Thanh tra giao thông công chính. Thanh tra chuyên ngành thuộc Bộ giao thông vận tải được tổ chức thành các Ban thanh tra giao thông đường bộ, đường sắt, đường thuỷ trực thuộc Cục đường bộ, Liên hiệp đường sắt Việt Nam và Cục đường sông Việt Nam. Các Ban Thanh tra này đều có Chánh Thanh tra, Phó Chánh thanh tra và các Thanh tra viên.
Thực tế của các mô hình nói trên đó gõy không ít lúng túng cho các Cơ quan hữu quan dự thảo quy định về thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính của các chức vụ Thanh tra chuyên ngành, nhất là đối với thẩm quyền xử phạt cho Thanh tra chuyên ngành cấp Cục và Tổng cục thuộc Bộ trong quá trình soạn thảo Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính (sửa đổi). Trong Tờ trình Uỷ ban thường vụ Quốc hội về việc sửa đổi Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính, Chính phủ cũng cho rằng, nếu bổ sung thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính cho Thanh tra chuyên ngành cấp Cục, Tổng cục thuộc Bộ là không hợp lý, như vậy sẽ làm phân tán hệ thống tổ chức cơ quan Thanh tra trong từng ngành, tăng đầu mối, làm tăng biên chế rất lớn, không phù hợp với chủ trương cải cách hành chính, tinh giản bộ máy hiện nay. Hơn nữa, Thanh tra cấp Cục, Tổng cục thuộc Bộ chỉ là một đơn vị thuộc Cục, Tổng cục (cấp phòng), do đó không nên quy định thẩm quyền xử phạt cho các cơ quan này để hạn chế người có thẩm quyền xử phạt, tập trung quyền hạn cho Thanh tra chuyên ngành cấp Bộ và Sở nhằm bảo đảm sự thống nhất của pháp luật và nâng cao hiệu lực quản lý nhà nước của các cơ quan Thanh tra.
Sự đa dạng của các loại hình trên đây không phù hợp với quy định hiện hành, thể hiện tình trạng vừa phân tán, vừa thiếu sự chỉ đạo chung theo một mô hình thống nhất, để ‘‘thu gọn đầu mối’‘, khắc phục tình trạng thanh tra chồng lên thanh tra, chồng chéo về nội dung, trùng lặp về thời gian trong hoạt động thanh tra... đề nghị mỗi Bộ, ngành chỉ có một tổ chức thanh tra, không thành lập nhiều cơ quan thanh tra chuyên ngành độc lập với Thanh tra Bộ. Riêng đối với một số Bộ, ngành quản lý đa ngành, đa lĩnh vực thì có thể thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành theo quy định của Chính phủ nhưng phải chịu sự hướng dẫn của Thanh tra Bộ về công tác, tổ chức, nghiệp vụ.
Về thanh tra chuyên ngành: Do nhiều Bộ, ngành, địa phương đã thành lập cơ quan Thanh tra chuyên ngành và việc tổ chức cơ quan thanh tra chuyên ngành lại không thống nhất như đó nờu ở trên dẫn đến việc chồng chéo về tổ chức và chức năng, nhiệm vụ giữa thanh tra nhà nước ở Bộ, ngành và Thanh tra chuyên ngành, đặc biệt là gây lúng túng cho việc phân định về thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính của người đứng đầu các cơ quan Thanh tra chuyên ngành khi sửa đổi Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính. Chẳng hạn, Chánh Thanh tra chuyên ngành tại một cơ quan thuộc Cục, hoặc Tổng cục (về chức vụ thì tương đương cấp Phòng) có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính với mức phạt như Chánh Thanh tra chuyên ngành cấp Bộ (cấp Vụ) hay giống như Chánh thanh tra chuyên ngành cấp sở, cũng tương tự như vậy với các Thanh tra viên ở các cấp... Ngoài ra, các quy định của pháp luật chưa rõ ràng đã dẫn đến việc hiểu các quy định của pháp luật không thống nhất và trên thực tế cũn cú sự cồng kềnh về tổ chức chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan Thanh tra. Hơn nữa, khái niệm ‘‘thanh tra chuyên ngành’‘ cũng là vấn đề còn tranh luận. Bởi lẽ, việc vừa thành lập cơ quan Thanh tra nhà nước làm chức năng thanh tra, kiểm tra việc giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật, lại
vừa thành lập các tổ chức Thanh tra chuyên ngành song trùng với tổ chức thanh tra nhà nước trong cùng một Bộ, ngành (tức là tạo ra một hệ thống cơ quan Thanh tra khác ngoài hệ thống Thanh tra Nhà nước) hiện nay là không phù hợp.
Thanh tra ngành hay Thanh tra chuyên ngành thì cũng phải thuộc hệ thống Thanh tra Nhà nước. Đồng thời, việc thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành phải là một trong những nội dung hoạt động của Thanh tra Bộ, ngành hoặc Sở. Việc quy định thanh tra chuyên ngành trong các văn bản pháp luật thực chất là cụ thể hoỏ thờm cỏc chức năng của Thanh tra bộ, ngành và sở. Càng không phù hợp khi ban hành một văn bản mới về quản lý chuyên ngành thì sẽ lại dẫn tới việc thành lập một tổ chức thanh tra chuyên ngành mới. Vì vậy, trong điều kiện thực hiện chủ trương cải cách hành chính thì việc thu gọn đầu mối, quy định một cách hợp lý nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan Thanh tra cần phải được quan tâm hơn. ở một số Bộ, ngành do nhu cầu quản lý, có sự đa dạng về tổ chức mà cú cỏc tổng cục, cục làm chức năng quản lý nhà nước thì việc thành lập tổ chức Thanh tra ở các cơ quan này phải là tổ chức Thanh tra của Bộ đặt tại Tổng cục hoặc cục. Có như vậy mới tạo ra sự bình đẳng về thẩm quyền xử phạt cũng như tổ chức thống nhất cơ quan Thanh tra hiện nay.
Do các quy định của pháp luật chưa rõ ràng đã dẫn đến việc hiểu các quy định của pháp luật không thống nhất và trên thực tế cũn cú sự cồng kềnh về tổ chức, chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan Thanh tra như vừa qua. Hơn nữa , khái niệm ‘‘thanh tra chuyên ngành’‘ cũng là vấn đề còn tranh luận. Có ý kiến cho rằng, việc thành lập hệ thống cơ quan Thanh tra nhà nước thực hiện chức năng thanh tra giúp Thủ trưởng cùng cấp thực hiện nhiệm vụ thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của ngành và cấp đó; giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân... Mặt khác, các Bộ theo thẩm quyền quản lý của mình thực hiện chức năng thanh tra về lĩnh vực
mình phụ trách, đó là lĩnh vực chuyên ngành mà các luật, pháp lệnh hiện nay thường đề cập đến. Do đó, thực chất các Bộ ngành vừa thực hiện chức năng thanh tra trong nội bộ ngành vừa thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành. Do đó, không nhất thiết trong một Bộ, ngành lại đồng thời tổ chức nhiều cơ quan thanh tra như hiện nay và giúp thủ trưởng cơ quan cùng cấp giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật, lại vừa thành lập các tổ chức Thanh tra chuyên ngành song trùng với tổ chức thanh tra nhà nước trong cùng một Bộ, ngành, sở (tức là tạo ra một hệ thống cơ quan Thanh tra khác ngoài hệ thống Thanh tra Nhà nước) hiện nay là không phù hợp.
Pháp lệnh xử phạt vi phạm hành chính hiện hành quy định cơ quan Thanh tra chuyên ngành là một trong những cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính, trong đó thẩm quyền của Thanh tra viên chuyên ngành đang thi hành công vụ; Chánh Thanh tra chuyên ngành, Thủ trưởng cơ quan thực hiện chức năng thanh tra nhà nước chuyên ngành cấp Sở; Chánh Thanh tra chuyên ngành, thủ trưởng cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành cấp Bộ được quy định khá cụ thể.
Vì những lý do trên, cần phải quan tâm đến việc nghiên cứu tổ chức bộ máy, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan thanh tra cho phù hợp với chủ trương cải cách hành chính, cải cách bộ máy nhà nước hiện nay.