Việc chuyển đổi cơ chế quản lý từ cơ chế kinh tế kế hoạch hoá tập trung sang cơ chế kinh tế thị trường định hướng XHCN đã kéo theo một loạt những thay đổi. Đối tượng chịu sự thanh tra, kiểm tra đa dạng hơn, phức tạp hơn với sự gia tăng về số lượng các tổ chức kinh tế thuộc mọi thành phần
kinh tế cũng như quá trình xã hội hoá nhiều lĩnh vực, trong đó Nhà nước không còn can thiệp trực tiếp bằng biện pháp hành chính, mà quản lý xã hội thông qua các công cụ quản lý vĩ mô, bằng luật pháp cho mọi thành phần kinh tế hoạt động và phát triển cũng như thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra, kiểm soát là chủ yếu.
Theo quan niệm, nhận thức mới, Nhà nước thực hiện vai trò phục vụ xã hội với tính chất là một tổ chức dịch vụ công; Nhà nước có trách nhiệm tạo ra một hành lang pháp lý cho các doanh nghiệp và cá nhân tự do phát triển. Nhà nước có quyền và có nhiệm vụ tạo ra một môi trường pháp lý thuận lợi cho sự phát triển, đảm bảo kỷ cương, kỷ luật, công bằng. Bản thân các cơ quan nhà nước cũng phải hoạt động trên cơ sở pháp luật, tuân thủ pháp luật.
Trong cơ chế quản lý mới, phương thức, cách thức, mục đích nội dung thanh tra đối với các doanh nghiệp không thể mang tính hành chính giống như thanh tra các cơ quan, đơn vị, cá nhân trong bộ máy nhà nước mà cần phải có sự thay đổi. Mỗi ngành, mỗi lĩnh vực của đời sống kinh tế-xã hội đều cú cỏc cơ quan quản lý nhà nước. Vì thế, việc thanh tra, kiểm tra các đơn vị, cá nhân trong việc chấp hành pháp luật về từng lĩnh vực phải được tiến hành chuyờn sõu, do các cơ quan quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực thực hiện. Đó là lý do của việc xuất hiện hoạt động thanh tra chuyên ngành trong Luật thanh tra.
Mục đích của hoạt động thanh tra chuyên ngành là bảo đảm sự chấp hành pháp luật của mọi cơ quan, tổ chức, cá nhân, bảo đảm trật tự, kỷ cương trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, hoạt động kinh tế tài chính, kinh tế xã hội cũng như trong mọi lĩnh vực khác của đời sống kinh tế xã hội. Mục đích của hoạt động thanh tra chuyên ngành là bảo đảm sự chấp hành pháp luật của mọi cơ quan, tổ chức, cá nhân, bảo đảm trật tự, kỷ cương trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, hoạt động kinh tế tài chính, kinh tế xã hội cũng như trong mọi lĩnh vực khác của đời sống kinh tế xã hội.
Đối tượng thanh tra của thanh tra chuyên ngành có phạm vi rộng hơn rất nhiều so với thanh tra hành chính và chủ yếu là khu vực tư, chẳng hạn các cuộc thanh tra về vệ sinh an toàn thực phẩm, thanh tra tài nguyên môi trường, thanh tra việc Đối tượng thanh tra của thanh tra chuyên ngành có phạm vi rộng hơn rất nhiều so với thanh tra hành chính và chủ yếu là khu vực tư, chẳng hạn các cuộc thanh tra về vệ sinh an toàn thực phẩm, thanh tra tài nguyên môi trường, thanh tra việc sản xuất và kinh doanh các mặt hàng vật nông nghiệp, v.v...
Thanh tra chuyên ngành có quyền xử phạt hành chính trong khi thanh tra hành chính, với đối tượng là cơ quan nhà nước và cán bộ, công chức nhà nước chủ yếu áp dụng các biện pháp kỷ luật hành chính... Thanh tra chuyên ngành thực chất là hoạt động kiểm tra thường xuyên của cơ quan quản lý, kết hợp với xử lý vi phạm.
Các quy định của hệ thống pháp luật hiện hành và thực tiễn hiện nay về mô hình tổ chức và hoạt động Thanh tra trong các bộ, ngành rất phức tạp; còn tồn tại mô hình tổ chức và hoạt động thanh tra khác nhau giữa các bộ, ngành...Những yếu tố này không thể không ảnh hưởng đến hiệu lực, hiệu quả của hoạt động quản lý nhà nước. Vì vậy, cần rà soát lại toàn bộ các quy định trong các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành có liên quan đến mô hình tổ chức, hoạt động thanh tra trong các lĩnh vực chuyên ngành để bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ của hệ thống pháp luật./.