Việc tổ chức thực hiện quyết định pháp luật là giai đoạn cuối cùng của quá trình thực hiện pháp luật. Khác với các văn bản của các cơ quan Nhà nước khác, văn bản thực hiện pháp luật trong việc giải quyết TG, TBVTP là các quyết định buộc phải tổ chức thực hiện nghiêm minh.
Khi CQĐT ban hành các quyết định: Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khơng khởi tố vụ án hình sự, Quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự; các Điều tra viên phải thực hiện đúng quy định và quy trình do pháp luật tố tụng hình sự quy định. Những người tham gia tố tụng khác có trách nhiệm thi hành quyết định của CQĐT theo quy định của pháp luật.
Khi VKS có các quyết định hủy bỏ quyết định của CQĐT thì mặc nhiên các quyết định của CQĐT khơng có hiệu lực. Điều 114 BLTTHS năm 2003, quy định rõ: CQĐT có trách nhiệm thực hiện các yêu cầu và quyết định của VKS. Đối với những quyết định hủy bỏ quyết định khơng có căn cứ và trái pháp luật của CQĐT trong việc giải quyết TG, TBVTP, nếu khơng nhất trí, CQĐT vẫn phải chấp hành nhưng có quyền kiến nghị. VKS có trách nhiệm tiếp tục kiểm sát, giám sát chặt chẽ CQĐT trong việc thực hiện các quyết định của VKS đối với toàn bộ hoạt động điều tra nói chung, cũng như trong hoạt động giải quyết TG, TBVTP nói riêng. Đây chính là nhiệm vụ quan trọng của VKS khi thực hiện chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp do pháp luật quy định. Đó là một trong những đảm bảo quan trọng để quyết định của VKS được tôn trọng và thực hiện một cách nghiêm túc.