(i) Tóm tắt nội dung
Pulau Ligitan và Pulau Sipadan là những đảo nhỏ, không có dân cư sinh sống. Tranh chấp các đảo xảy ra năm 1969 nhưng có bối cảnh lịch sử rất phức tạp. Cả hai bên đều viện dẫn họ có quyền sở hữu do kế thừa từ thời phong kiến, hồi thế kỷ XVI, và trên cơ sở các điều ước quốc tế ký kết thời kỳ thuộc địa, đặc biệt là Hiệp ước năm 1891 giữa Anh và Hà Lan, nhưng Tòa chưa thể dựa vào đó để đưa ra kết luâ ̣n. Nên Malaysia và Inđônêxia lại đồng thời cung cấp chứng cứ liên quan đến chiếm hữu thực sự xảy ra trước năm 1969 để làm cơ sở khẳng định chủ quyền đối với các đảo tranh chấp.
(ii) Lập luận của các bên
Lập luận của Inđônêxia: Inđônêxia khẳng định chủ quyền thông qua các hành vi sau: Báo cáo của chỉ huy tàu Hà Lan cho thấy hai đảo tranh chấp thuộc chủ quyền Hà Lan. Các cuộc điều tra thuỷ văn của tàu Macasser hoạt động xung quanh Ligitan và Sipidan trong tháng 10 và 12/1903. Trước 1969, hải quân Inđônêxia đã nhiều lần đến thăm Sipadan. Ngư dân của Inđônêxia có truyền thống đánh bắt cá xung quanh Ligitan và Sipadan....
Lập luận của Malaysia: Malaysia đưa ra các chứng cứ về chiếm hữu thực sự thực hiện chủ yếu ở hai thời kỳ sau:
- Thời thuộc địa: Các nhà chức trách Anh ở Bắc Borneo đã thu thập, quản lý, kiểm soát trứng rùa từ năm 1914, ban hành pháp lệnh bảo tồn rùa để cấp phép xây dựng nguồn dự phòng quốc gia trong khai thác trứng rùa, giải quyết các tranh chấp liên
quan đến thu thập trứng rùa, cấp phép cho các tàu đánh cá xung quanh các đảo tranh chấp…. Ngoài ra, đầu những năm 1960, Malaysia đã xây hải đăng trên hai đảo mà không có sự phản đối của Inđônêxia.
- Sau thời thuộc địa: Malaysia luôn khẳng định chủ quyền trong suốt quá trình đàm phán về thềm lục địa với Inđônêxia, trong khi đó nước này không hề quan tâm hay đòi hỏi chủ quyền hai đảo. Malaysia đã khai thác du lịch cũng như đảm bảo an ninh môi trường cho Sipadan trước 1969 và kéo dài hoạt động cho đến nay. Ngày 25/9/1997 hai đảo trở thành khu bảo tồn của Malaysia.
(iii) Phán quyết của Tòa
Hai đảo tranh chấp là những đảo nhỏ không phù hợp cho cuộc sống định cư của con người và có giá trị kinh tế không lớn. Vì vậy, việc áp dụng phương thức chiếm hữu thực sự cần được xem xét phù hợp với điều kiện địa lý của các đảo tranh chấp. Toà sẽ xem xét những biểu hiện của quyền lực nhà nước, những hành động pháp lý hoặc hành chính xác đáng, rõ ràng liên quan đến đảo tranh chấp để coi đó là cơ sở xác định chiếm hữu thực sự đối với hai đảo này.
Toà xác định rằng Inđônêxia không có các hoạt động lập pháp đối với đảo tranh chấp. Đặc biệt, đạo luật của Inđônêxia về đường cơ sở 1960 và bản đồ kèm theo không đề cập đến hai đảo này. Chuyến đi của tàu Hà Lan được xác minh là hoạt động chung của hải quân Anh và Hà Lan nhằm chống cướp biển trong vùng biển Borneo. Vì vậy, không thể suy diễn từ báo cáo của chỉ huy tàu Hà Lan cũng như các hoạt động tuần tra giám sát của hải quân để xác định chủ quyền của Hà Lan hay Inđônêxia. Hoạt động đánh bắt của ngư dân Inđônêxia cũng chỉ là tư nhân, không thể đáp ứng các điều kiện của chiếm hữu thực sự nếu nó không diễn ra trên cơ sở các quy định chính thức hoặc thuộc chính phủ. Theo quan điểm của Tòa, Inđônêxia không có ý định sẽ hành động với tư cách thiết lập chủ quyền.
Đối với lập luận của Malaysia, Toà đánh giá rằng các biện pháp điều tiết, kiểm soát chứng rùa và việc thực hiện một kế hoạch dự trữ gia cầm cho quốc gia chính là hoạt động mang thẩm quyền hành chính trên các đảo. Việc xây các hải đăng và trợ giúp giao thông biển thường là hoạt động không liên quan đến quyền lực nhà nước (trường hợp Minquiers). Tuy nhiên trong vụ tranh chấp về lãnh thổ và phân định biển giữa Qatar và Bahrain, Tòa lại cho rằng: những hành động khoan giếng phun của Bahrain là hành vi xác lập chủ quyền. Vì vậy, việc xây dựng trợ giúp định hướng hàng hải cũng có thể phù hợp đối với đảo nhỏ, tương tự như trường hợp của Bahrain. Bên cạnh đó, sự im lặng của Inđônêxia trước hoạt động này là điều cần được xem xét. Tòa kết luận rằng các hoạt động của Malaysia và của Anh với tư cách là quốc gia để lại kế thừa, mặc dù có đặc tính khác nhau và không nhiều, nhưng bao gồm cả hoạt động lập pháp, hành pháp và tư pháp, diễn ra trong một khoảng thời gian tương đối dài và thể hiện ý định thực thi các chức năng nhà nước của Malaysia đối với hai đảo liên quan. Hơn nữa, vào thời điểm các hoạt động đó được thực hiện thì Inđônêxia chưa từng bày tỏ sự bất đồng cũng như phản đối. Tòa kết luận Malaysia đã xác lập chủ quyền đối với hai hòn đảo bằng chiếm hữu thực sự.