- Ngày 01/01/1988, NHNN Việt Nam ký quyết định thành lập ngân hàng nông nghiệp tỉnh Quảng Nam - Đà Nằng. Hoạt động chủ yếu trong giai đoạn này là phục vụ các doanh nghiệp, hộ cá thể liên quan đến lĩnh vực nông- lâm- thuỷ- hải sản.
- Năm 1991, Ngân hàng nông nghiệp được đổi tên thành Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam theo quyết định của thống đốc NHNN Việt Nam. Và chi nhánh cũng được đổi tên thành NHNo&PTNT tỉnh Quảng Nam - Đà Nằng.
- Ngày 02/04/1991, NHNo&PTNT Việt Nam thành lập thêm sở giao dịch III NHNo&PTNT Việt Nam tại thành phố Đà Nằng theo quyết định số 66/NH-QĐ của thống đốc NHNN Việt Nam. Lúc này trên địa bàn thành phố Đà Nằng có hai chi nhánh trực thuộc NHNo&PTNT Việt Nam với chức năng và nhiệm vụ khác nhau: chi nhánh NHNo tỉnh Quảng Nam Đà Nằng với nhiệm vụ kinh doanh trên địa bàn tỉnh Quảng Nam Đà Nằng, lĩnh vực hoạt động chủ yếu là nông nghiệp. Sở giao dịch III- NHNo tại Đà Nằng với nhiệm vụ kiểm tra việc chấp hành các chủ trương chính sách của nhà nước và NHNo Việt Nam trên phạm vi 11 tỉnh Miền trung có nhiệm vụ quản lý và điều hoà vốn trong khu vực.
- Thực hiện chủ trương địa giới hành chính của tỉnh Quảng Nam Đà Nằng của Chính Phủ, ngày 16/12/1996 NHNo&PTNT Việt Nam quyết định tách sở giao dịch III-NHNo&PTNT Việt Nam tại Đà Nằng và nâng cấp thành sở giao dịch III-NHNo&PTNT Việt Nam tại Đà Nằng và chi nhánh NHNo&PTNT tỉnh Quảng Nam theo quyết định số 515/QĐ-NHNo của Tổng Giám Đốc NHNo&PTNT Việt Nam.
- Ngày 26/10/2001 sở giao dịch III-NHNo&PTNT Việt Nam tại thành phố Đà Nang với chi nhánh NHNo&PTNT thành phố Đà Nang thành NHNo&PTNT thành phố Đà Nang theo quyết định số 424/QĐ/HĐQT-TCCB của Chủ tịch hội đồng quản trị NHNo&PTNT Việt Nam.
- Quy chế tổ chức và hoạt động của Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn TP Đà Nang được thực hiện theo quyết định số1377/QĐ/HĐQT- TCCB, ngày 24/12/2007 của Hội đồng quản trị NHNo&PTNT Việt Nam.