Ủy ban thường vụ Quốc hội quyết định số lượng các đơn vị trực thuộc Kiểm toán nhà nước theo đề nghị của Tổng Kiểm toán nhà nước. Kiểm toán nhà nước được tổ chức và quản lý tập trung thống nhất gồm: Văn phòng Kiểm toán nhà nước, các đơn vị thuộc bộ máy điều hành, Kiểm toán nhà nước chuyên ngành, Kiểm toán nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp. Văn phòng Kiểm toán nhà nước, Kiểm toán nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp có tài khoản và con dấu riêng. [28]
Cơ cấu tổ chức của KTNN gồm có 32 đơn vị trực thuộc, gồm: 08 đơn vị tham mưu, 08 đơn vị chuyên ngành,13 KTNN khu vực và 03 đơn vị sự nghiệp. Lãnh đạo KTNN gồm: Tổng KTNN và 05 Phó Tổng KTNN; lãnh đạo các đơn vị gồm: Vụ trưởng và 03 đến 04 phó Vụ trưởng; các phòng gồm: Trưởng phòng, 03 Phó trưởng phòng và các KTV, chuyên viên cơ cấu theo ngạch công chức.
Tổng KTNN
Các phó tổng KTNN
KIỂM TOÁN NHÀ NƯỚC
Cácđơn vị sự nghiệp
Trường đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán Các đơn vị tham mưu
Văn phòng KTNN
Vụ tổ chức cán bộ
Vụ tổng hợp
Trung tâm tin học
Báo kiểm toán
Vụ chế độ & KSCLKT
Hình 2.1. Sơ đồ tổ chức bộ máy của kiểm toán nhà nước
Tính đến hết ngày 31/12/2017, KTNN có 1.959 cán bộ, công chức, Kiểm toán viên và được hình thành từ các nguồn chủ yếu sau: Tiếp nhận công chức thuyên chuyển công tác từ các bộ, ngành, địa phương về KTNN; Tuyển dụng qua thi tuyển công chức đối với sinh viên tốt nghiệp các trường đại học trong và ngoài nước; Tuyển dụng qua chính sách thu hút nhân tài (hình thức này thực hiện từ năm 2015). Kiểm toán viên nhà nước là lực lượng nòng cốt, chủ yếu trong tổng số công chức của ngành. Trong đó, 100% Kiểm toán viên nhà nước có trình độ đại học trở lên. Công chức có trình độ trên đại học là 655 người chiếm 33%; trình độ đại học là 1.274 người chiếm 65%; trình độ đào tạo dưới đại học là 16 người chiếm 0,2%.