Nguồn kinh phí của ngân sách nhà nước hàng năm thực hiện Đề án về xây dựng nông thôn mới còn hạn chế, chưa đảm bảo ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện xây dựng nông thôn mới tại các địa phương. Định mức hỗ trợ để thực hiện các tiêu chí xây dựng nông thôn mới thấp, như: hỗ trợ nhà văn hóa xã, thôn; hỗ trợ làm đường giao thông, kiên cố hóa kênh mương. Nhận thức của một bộ phận không nhỏ cán bộ, người dân về chương trình MTQG xây dựng NTM còn hạn chế, bất cập, trông chờ vào sự hỗ trợ của nhà nước, chưa tích cực, chủ động phát huy nội lực, phát huy vai trò chủ thể của người dân và cộng đồng.
Nguồn đóng góp của người dân còn yếu do thu nhập thấp, cơ chế huy động vốn chưa đa dạng. việc huy động nguồn lực phục vụ cho nhu cầu đầu tư, xây dựng còn hạn chế, chủ yếu phải dựa vào ngân sách Nhà nước. Còn có công trình dự kiến xây dựng trên địa bàn nhưng chưa thực hiện được do thiếu vốn hỗ trợ từ các cấp, các ngành, doanh nghiệp.
Cơ chế, chính sách tài chính ưu đãi cụ thể chưa thu hút các doanh nghiệp, đơn vị đầu tư vào lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn vì vậy đời sống vật chất, tinh thần của người dân nông thôn vẫn còn gặp nhiều khó khăn; hệ thống bảo hiểm sản xuất nông nghiệp chưa được hình thành; vấn đề đào tạo nghề và giải quyết việc làm còn hạn chế. Môi trường sống ở nông thôn chưa được bảo đảm, đời sống của dân cư nông thôn nhìn chung còn khó khăn. Hệ thống chính trị cơ sở ở một số xã còn yếu, chất lượng đội ngũ công chức xã còn thấp; việc triển khai thực hiện xây dựng nông thôn mới còn nhiều khó khăn.
Công tác tập huấn, tuyên truyền được tổ chức triển khai thực hiện trên phạm vi rộng, nhiều đối tượng tham gia nhưng tiếp thu còn hạn chế. Phương pháp, nội dung tuyên truyền chưa phong phú và hiệu quả cao.
Sự giám sát, kiểm tra của người dân còn yếu, đa số người dân đều chưa tham gia vào thẩm định các công trình. Nhưng do kiến thức hạn chế nên chưa đánh giá được đúng chất lượng công trình.